Cho tôi hỏi về điều kiện được hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa bị hư hỏng do hết hạn sử dụng trong kho của doanh nghiệp thương mại, chúng tôi có một lô thực phẩm chức năng trị giá 5 tỷ đồng đã hết hạn và phải tiêu hủy theo quy định y tế, vậy số thuế GTGT đầu vào của lô hàng này đã kê khai từ trước có phải điều chỉnh giảm không hay doanh nghiệp vẫn được giữ lại để khấu trừ và hoàn thuế như bình thường vì đây là rủi ro kinh doanh bất khả kháng ạ?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Điều kiện khấu trừ và hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa hư hỏng do hết hạn sử dụng

Theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 (có hiệu lực từ ngày 01/7/2025), thuế GTGT đầu vào của hàng hóa bị hư hỏng, mất mát chỉ được khấu trừ nếu thuộc trường hợp bất khả kháng hoặc rủi ro kinh doanh hợp lý, không phải do lỗi chủ quan của doanh nghiệp. Cụ thể, Điều 15 Luật Thuế GTGT 2024 quy định thuế GTGT đầu vào liên quan đến hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất kinh doanh chịu thuế được khấu trừ toàn bộ, trừ trường hợp hàng hóa bị loại trừ khỏi chi phí được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp.

Đối với hàng hóa hết hạn sử dụng như thực phẩm chức năng, đây thường được xem là rủi ro kinh doanh thông thường (không phải bất khả kháng như thiên tai hoặc tai nạn bất ngờ), nên doanh nghiệp vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu chứng minh được hàng hóa đã được kê khai hợp pháp và tiêu hủy theo quy định y tế. Nghị định 181/2025/NĐ-CP (quy định chi tiết thi hành Luật Thuế GTGT 2024) tại Điều 10 xác nhận rằng mất mát hàng tồn kho do hết hạn không yêu cầu điều chỉnh giảm thuế đầu vào nếu doanh nghiệp lập biên bản kiểm kê, tiêu hủy và báo cáo cơ quan thuế kịp thời.

Có phải điều chỉnh giảm thuế GTGT đầu vào hay được giữ để khấu trừ và hoàn thuế

Xem thêm: Chi phí lãi vay ngân hàng của cá nhân khi mua nhà trả góp có được trừ vào thu nhập chịu thuế TNCN hằng năm không ạ?

Trong trường hợp lô thực phẩm chức năng trị giá 5 tỷ đồng bị hết hạn và phải tiêu hủy theo quy định y tế, doanh nghiệp không bắt buộc phải điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã kê khai trước đó. Theo Thông tư 219/2013/TT-BTC (sửa đổi, bổ sung tại Thông tư 26/2015/TT-BTC và các văn bản liên quan), khoản 3 Điều 14 quy định thuế GTGT đầu vào của hàng hóa bị hư hỏng, mất mát trong quá trình sản xuất kinh doanh được khấu trừ bình thường nếu có hồ sơ chứng minh (như biên bản tiêu hủy, xác nhận của cơ quan y tế). Doanh nghiệp có thể giữ nguyên để khấu trừ vào thuế đầu ra các kỳ sau hoặc yêu cầu hoàn thuế nếu số thuế đầu vào lũy kế 12 tháng liên tiếp lớn hơn đầu ra (theo Điều 13 Luật Thuế GTGT 2024). Tuy nhiên, nếu cơ quan thuế kiểm tra và xác định mất mát do quản lý kém (không phải rủi ro bất khả kháng), doanh nghiệp có thể bị loại trừ phần thuế này khỏi chi phí khấu trừ, dẫn đến truy thu kèm phạt chậm nộp 0,03%/ngày (tối thiểu 2.000.000 đồng theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP).

Hồ sơ cần chuẩn bị để khấu trừ và hoàn thuế

Để đảm bảo quyền lợi, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ sau và lưu trữ ít nhất 10 năm theo quy định tại Điều 56 Luật Quản lý thuế 2019:

• Biên bản kiểm kê hàng hóa hết hạn, có chữ ký của người có trách nhiệm và đại diện doanh nghiệp.
• Quyết định tiêu hủy từ cơ quan y tế có thẩm quyền (ví dụ: Sở Y tế địa phương).
• Hóa đơn GTGT đầu vào gốc của lô hàng 5 tỷ đồng, chứng minh đã kê khai hợp pháp.
• Báo cáo mất mát gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp trong vòng 10 ngày kể từ ngày phát hiện hết hạn (theo mẫu tại Phụ lục Nghị định 181/2025/NĐ-CP).
• Chứng từ tiêu hủy (hợp đồng với đơn vị xử lý chất thải, biên bản bàn giao).

Quy trình thực hiện khấu trừ và yêu cầu hoàn thuế

Bước 1: Lập và phê duyệt biên bản mất mát

Doanh nghiệp tiến hành kiểm kê lô hàng hết hạn, lập biên bản chi tiết về số lượng, giá trị (5 tỷ đồng), nguyên nhân (hết hạn sử dụng) và đề xuất tiêu hủy. Biên bản phải được lãnh đạo doanh nghiệp phê duyệt và gửi cơ quan y tế để xác nhận tính hợp pháp, đảm bảo tuân thủ quy định an toàn thực phẩm tại Luật An toàn thực phẩm 2010 (sửa đổi 2018). Thời hạn thực hiện: trong vòng 5 ngày kể từ ngày hết hạn.

Xem thêm: Em muốn hỏi về thuế thu nhập cá nhân đối với nghệ sĩ và KOL, năm qua em có nhận đóng quảng cáo cho một vài nhãn hàng và họ tính thuế của em theo mức 10% trên mỗi hợp đồng, nhưng thực tế để có được những hình ảnh đó em phải thuê ekip, trang điểm, trang phục rất tốn kém, em muốn hỏi là những chi phí này có được trừ ra trước khi tính thuế không hay nhà nước chỉ tính thuế trên tổng số tiền em nhận được từ nhãn hàng mà không quan tâm đến chi phí đầu tư của em?

Bước 2: Tiến hành tiêu hủy và thu thập chứng từ

Liên hệ đơn vị có thẩm quyền (như công ty môi trường được cấp phép) để tiêu hủy lô hàng, lập biên bản tiêu hủy có chữ ký các bên liên quan. Đồng thời, báo cáo cơ quan thuế địa phương qua hệ thống điện tử (iHTKK) kèm chứng từ y tế. Quy trình này giúp chứng minh mất mát là rủi ro kinh doanh, tránh bị loại trừ thuế đầu vào theo Thông tư 69/2025/TT-BTC.

Bước 3: Kê khai và yêu cầu hoàn thuế

Trong tờ khai thuế GTGT kỳ phát sinh (hàng tháng hoặc quý), ghi nhận số thuế đầu vào của lô hàng vào chỉ tiêu khấu trừ mà không điều chỉnh giảm. Nếu đủ điều kiện hoàn (thuế đầu vào > đầu ra lũy kế 300 triệu đồng), nộp hồ sơ hoàn thuế tại cơ quan thuế theo Điều 19 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, bao gồm toàn bộ chứng từ trên. Thời gian xử lý hoàn thuế: 40 ngày đối với doanh nghiệp thông thường, 60 ngày nếu kiểm tra thực tế.

Việc tuân thủ đúng quy định giúp doanh nghiệp tránh rủi ro truy thu thuế, phạt hành chính từ 20% đến 100% số thuế gian lận (theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP), đồng thời bảo vệ quyền khấu trừ hợp pháp. Đồng thời, duy trì uy tín kinh doanh và tối ưu hóa dòng tiền qua hoàn thuế kịp thời. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.