Doanh nghiệp tôi kinh doanh trong lĩnh vực phần mềm, theo quy định là đối tượng không chịu thuế GTGT nhưng hàng tháng chúng tôi vẫn phải chi trả rất nhiều chi phí đầu vào có thuế GTGT 10%, vậy số thuế đầu vào này chúng tôi sẽ được hoàn lại hay phải tính vào chi phí hợp lý khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp, vì tôi thấy nếu không được hoàn thì chi phí của doanh nghiệp sẽ bị đội lên rất cao so với các ngành nghề khác?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Xử lý thuế GTGT đầu vào đối với sản phẩm phần mềm

Theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 (sửa đổi, bổ sung năm 2013, 2014, 2016), sản phẩm phần mềm và dịch vụ phần mềm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Căn cứ Điều 14 Thông tư 219/2013/TT-BTC, do đầu ra không chịu thuế nên thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT sẽ không được khấu trừ.

Điều này có nghĩa là khi doanh nghiệp mua sắm thiết bị, máy móc hoặc dịch vụ phục vụ cho hoạt động sản xuất phần mềm, phần thuế GTGT 10% ghi trên hóa đơn mua vào sẽ không được hoàn trả hay bù trừ với thuế đầu ra. Tuy nhiên, doanh nghiệp không bị mất trắng khoản này mà sẽ thực hiện hạch toán theo cơ chế chi phí được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp.

Tính toán chi phí hợp lý khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN

Xem thêm: Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế thuộc diện "Kiểm tra trước, hoàn thuế sau" thường kéo dài bao lâu nếu doanh nghiệp có nhiều hóa đơn đầu vào phức tạp?

Mặc dù không được khấu trừ thuế GTGT, doanh nghiệp vẫn được quyền tính toàn bộ phần thuế GTGT đầu vào này vào chi phí được trừ để giảm số thuế TNDN phải nộp. Quy trình và điều kiện thực hiện như sau:

• Điều kiện về chứng từ: Theo Điều 6 Thông tư 78/2014/TT-BTC và Thông tư 96/2015/TT-BTC, khoản chi phí (bao gồm cả thuế GTGT không được khấu trừ) phải có hóa đơn, chứng từ hợp pháp và có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hóa đơn từ 20.000.000 đồng trở lên.
• Cách hạch toán: Doanh nghiệp cộng phần thuế GTGT không được khấu trừ vào nguyên giá tài sản cố định hoặc chi phí quản lý, chi phí sản xuất kinh doanh trong kỳ. Ví dụ: Nếu mua thiết bị giá 100.000.000 đồng và thuế GTGT 10.000.000 đồng, doanh nghiệp sẽ ghi nhận tổng chi phí là 110.000.000 đồng để trừ vào thu nhập chịu thuế.
• Tính công bằng: Cơ chế này giúp đảm bảo tính công bằng giữa các ngành nghề theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12 (sửa đổi, bổ sung năm 2013, 2014, 2019). Trong khi các ngành khác khấu trừ thuế đầu vào để giảm thuế GTGT phải nộp, doanh nghiệp phần mềm dùng thuế đầu vào để giảm trực tiếp thu nhập chịu thuế TNDN, từ đó bù đắp gánh nặng chi phí mua sắm ban đầu.

Quy trình kê khai và lưu trữ hồ sơ thuế

Để đảm bảo tính minh bạch và tránh rủi ro khi bị thanh tra, doanh nghiệp cần thực hiện theo các bước sau:

Bước 1: Phân loại hóa đơn đầu vào theo mục đích sử dụng Kế toán cần tách biệt rõ hóa đơn dùng cho hoạt động sản xuất phần mềm (không chịu thuế) và các hoạt động kinh doanh khác nếu có (chịu thuế). Việc phân loại ngay từ đầu giúp doanh nghiệp áp dụng đúng nguyên tắc không khấu trừ đối với phần chi phí phần mềm, đồng thời chuẩn bị sẵn danh mục hóa đơn để hạch toán thẳng vào chi phí trong kỳ thay vì kê khai lên tờ khai thuế GTGT mẫu 01/GTGT. Quá trình này giúp giảm thiểu sai sót trong việc kê khai nhầm vào mục thuế được khấu trừ, một lỗi phổ biến dẫn đến việc bị cơ quan thuế truy thu và xử phạt sau này.

Xem thêm: Trong quá trình kiểm tra đột xuất, cơ quan thuế phát hiện công ty đã sử dụng hóa đơn điện tử nhưng chưa thông báo phát hành đúng thời điểm theo quy định, dù các hóa đơn đều xuất đúng nội dung và nộp thuế đầy đủ, vậy hành vi này bị xử phạt ở mức nào và có ảnh hưởng đến tính hợp lệ của chi phí không?

Bước 2: Hạch toán tổng giá trị thanh toán vào sổ sách kế toán Khi ghi nhận chi phí, kế toán không tách riêng tiền thuế vào tài khoản 133 (thuế GTGT được khấu trừ) mà cộng trực tiếp vào các tài khoản đầu 6 (như 642, 627) hoặc tài khoản 211 (tài sản cố định). Việc gộp giá trị này phản ánh đúng bản chất dòng tiền của doanh nghiệp không chịu thuế, giúp báo cáo tài chính thể hiện chính xác lợi nhuận thực tế sau khi đã bao gồm các loại phí và thuế không được hoàn lại. Đây là căn cứ quan trọng nhất để xác định số thuế TNDN tạm tính hàng quý, giúp doanh nghiệp chủ động điều tiết ngân sách và thực hiện đúng nghĩa vụ thuế theo quy định tại Thông tư 78/2014/TT-BTC.

Bước 3: Lưu trữ chứng từ và quyết toán thuế cuối năm Doanh nghiệp phải lưu trữ đầy đủ hợp đồng, hóa đơn GTGT và chứng từ thanh toán ngân hàng trong thời gian ít nhất 10 năm theo Luật Quản lý thuế. Khi quyết toán thuế TNDN năm, toàn bộ các khoản thuế GTGT đầu vào đã hạch toán vào chi phí phải được chứng minh bằng các hóa đơn hợp lệ này. Việc lưu trữ khoa học và đầy đủ giúp doanh nghiệp tự tin giải trình với cơ quan thuế về tính hợp lý của chi phí, đảm bảo toàn bộ phần thuế 10% đã nộp cho nhà cung cấp đều được chấp nhận là chi phí hợp lệ, từ đó tối ưu hóa số thuế TNDN phải nộp cuối cùng.

Việc tuân thủ đúng quy định về xử lý thuế GTGT và TNDN giúp doanh nghiệp tối ưu hóa chi phí, tránh phạt hành chính từ 20% đến 100% số thuế kê khai sai (theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, vẫn hiệu lực bổ sung cho các luật mới), đồng thời đảm bảo tính minh bạch trong báo cáo tài chính. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.