Trường hợp tôi ký hợp đồng thuê kho bãi nhưng trong hợp đồng ghi là “giá thuê chưa bao gồm các loại thuế phí theo quy định”, vậy thực tế tôi là bên thuê hay bên chủ kho phải có trách nhiệm đi kê khai và nộp thuế cho nhà nước, và nếu chủ kho không đi nộp thì tôi có được đưa chi phí thuê kho này vào sổ sách của công ty không?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Trách nhiệm kê khai và nộp thuế trong hợp đồng thuê kho bãi

Trong hợp đồng thuê kho bãi, khi các bên thỏa thuận "giá thuê chưa bao gồm các loại thuế phí theo quy định", bản chất pháp lý của cụm từ này là xác định số tiền thực tế chủ kho nhận về. Nghĩa vụ kê khai, trích nộp các khoản thuế phát sinh đối với Nhà nước sẽ phụ thuộc vào tư cách pháp lý của bên cho thuê.

• Cơ sở pháp lý bóc tách nghĩa vụ: Hoạt động cho thuê tài sản của cá nhân/hộ kinh doanh được điều chỉnh bởi Luật Thuế giá trị gia tăng 2024
• Trường hợp bên cho thuê là Cá nhân/Hộ kinh doanh: Nếu tổng doanh thu cho thuê tài sản trong năm dương lịch từ 100 triệu đồng trở xuống, cá nhân cho thuê không phải nộp thuế GTGT và không phải nộp thuế TNCN. Nếu tổng doanh thu trong năm trên 100 triệu đồng, tài sản cho thuê bắt buộc phải chịu thuế với mức tỷ lệ là 5% thuế GTGT và 5% thuế TNCN trên doanh thu.

Đính chính sai sót nghiêm trọng về mức thuế suất: Nội dung cũ hướng dẫn "bên thuê phải khấu trừ tại nguồn 10% trên khoản thanh toán cho chủ kho đối với thuế TNCN" là hoàn toàn sai lệch và nhầm lẫn. Thuế TNCN đối với hoạt động cho thuê tài sản của cá nhân cố định là 5% trên doanh thu theo quy định tại Thông tư 40/2021/TT-BTC (mức 10% chỉ áp dụng cho thu nhập từ tiền lương, tiền công hoặc vãng lai của cá nhân không ký hợp đồng lao động). Công Ty Luật ACC xin đính chính lại để doanh nghiệp trích nộp đúng tỷ lệ quy định là tổng 10% (5% GTGT + 5% TNCN) trên doanh thu chịu thuế, tránh nộp thừa hoặc nộp sai sắc thuế.

Điều kiện ghi nhận chi phí thuê kho vào sổ sách kế toán hợp lý

Để doanh nghiệp (bên thuê) được tính khoản tiền chi trả thuê kho bãi vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), bộ phận kế toán phải hoàn thiện hồ sơ chứng từ theo đúng quy chuẩn pháp lý.

• Cơ sở pháp lý về chi phí được trừ: Căn cứ quy định tại Điều 4 Thông tư 96/2015/TT-BTC (sửa đổi, bổ sung Thông tư 78/2014/TT-BTC) và các văn bản hướng dẫn quản lý thuế hiện hành năm 2026.
• Hồ sơ chứng từ bắt buộc phải lưu trữ:

• Hợp đồng thuê kho bãi bằng văn bản thể hiện rõ các thỏa thuận về giá thuê, thời hạn thuê và nghĩa vụ nộp thuế thay (nếu có).
• Biên lai nộp thuế thay (Giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước) hiển thị đầy đủ số tiền thuế GTGT 5% và TNCN 5% đã nộp vào kho bạc, ghi rõ nộp thay cho mã số thuế của cá nhân chủ kho.
• Chứng từ thanh toán tiền thuê kho không dùng tiền mặt (Ủy nhiệm chi hoặc chứng từ chuyển khoản ngân hàng) đối với từng kỳ thanh toán.
• Biên bản bàn giao kho bãi hoặc biên bản đối chiếu công nợ định kỳ giữa các bên.

Thành phần hồ sơ kê khai và nộp thuế thay cho chủ kho là cá nhân

Khi doanh nghiệp thực hiện nghĩa vụ đại lý thuế, đứng ra kê khai và nộp thay thuế cho chủ kho để hợp thức hóa chi phí, bộ hồ sơ khai thuế cần chuẩn bị bao gồm (mỗi mục một dòng):

• Tờ khai thuế đối với cá nhân kinh doanh Mẫu số 01/CNKD ban hành kèm theo Phụ lục II Thông tư 40/2021/TT-BTC (tích chọn vào chỉ tiêu "Tổ chức, cá nhân khai thay, nộp thay").
• Phụ lục bảng kê chi tiết cá nhân cho thuê tài sản Mẫu số 01-1/BK-TTS ban hành kèm theo Thông tư 40/2021/TT-BTC.
• Bản chụp Hợp đồng thuê kho bãi kèm theo các phụ lục hợp đồng liên quan.
• Bản sao Căn cước công dân hoặc thông báo mã số thuế của cá nhân chủ kho cho thuê tài sản.

Quy trình 3 bước trích nộp thuế thay và ghi nhận chi phí năm 2026

Doanh nghiệp thực hiện quy trình kê khai thuế thay cho cá nhân chủ kho và hạch toán sổ sách kế toán theo trình tự các bước hướng dẫn cụ thể dưới đây:

Bước 1: Trích giữ tiền thuế và lập hồ sơ khai thay trên phần mềm HTKK Tại thời điểm thanh toán tiền thuê kho theo kỳ hạn trên hợp đồng, kế toán tiến hành trích lại tổng cộng 10% (5% thuế GTGT và 5% thuế TNCN) tính trên giá trị thanh toán chưa thuế nếu tổng doanh thu năm của chủ kho trên 100 triệu đồng. Đoạn văn giải thích 3-5 dòng này hướng dẫn kế toán đăng nhập vào ứng dụng Hỗ trợ kê khai (HTKK) hiện hành để chọn mục "Thuế cá nhân kinh doanh" và lập tờ khai theo Mẫu số 01/CNKD kèm phụ lục Mẫu số 01-1/BK-TTS. Trong hồ sơ, doanh nghiệp điền đầy đủ các chỉ tiêu về thông tin định danh của chủ kho, diện tích kho bãi, thời hạn thuê và doanh thu phát sinh trong kỳ tính thuế. Việc nhập liệu chính xác tại bước này giúp cơ quan thuế phân bổ đúng nghĩa vụ tài chính về tài khoản quản lý của cá nhân cho thuê, tạo cơ sở pháp lý vững chắc cho bộ chứng từ của doanh nghiệp.

Bước 2: Nộp tờ khai điện tử và chuyển tiền thuế vào Kho bạc Nhà nước Doanh nghiệp thực hiện gửi tờ khai điện tử đã lập ở Bước 1 qua cổng thông tin Thuedientu của Tổng cục Thuế bằng chữ ký số của công ty. Đoạn văn giải thích 3-5 dòng này hướng dẫn sau khi nhận được thông báo tiếp nhận hồ sơ từ hệ thống thuế, doanh nghiệp tiến hành lập giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước thông qua ngân hàng thương mại được liên kết. Tiền thuế phải được chuyển chính xác vào tài khoản của Kho bạc Nhà nước quận/huyện nơi có kho bãi tọa lạc, hạch toán đúng tiểu mục thuế GTGT (tiểu mục 1701) và thuế TNCN (tiểu mục 1005) từ hoạt động cho thuê tài sản. Việc hoàn thành chuyển khoản tiền thuế đúng thời hạn quy định tại Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 giúp doanh nghiệp sở hữu chứng từ nộp thay hợp pháp, bãi bỏ hoàn toàn rủi ro bị cơ quan thuế từ chối chi phí được trừ khi quyết toán thuế TNDN.

Bước 3: Hạch toán sổ sách kế toán và lưu trữ chứng từ chi phí hợp lý Bộ phận kế toán tập hợp Giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước thu được ở Bước 2 cùng với chứng từ chuyển khoản tiền thuê kho gửi cho chủ kho để tiến hành định khoản kế toán. Đoạn văn giải thích 3-5 dòng này hướng dẫn kế toán thực hiện ghi nhận toàn bộ giá trị tiền thuê kho thực tế chi trả cộng với số tiền thuế đã nộp thay vào tài khoản chi phí quản lý doanh nghiệp hoặc chi phí bán hàng năm 2026 (Tài khoản 642, 641). Biên lai nộp thuế thay được kẹp cùng hợp đồng gốc và lưu giữ tại văn phòng để sẵn sàng xuất trình cho đoàn kiểm tra thuế khi có quyết định hậu kiểm. Thủ tục này chứng minh doanh nghiệp đã thực hiện đầy đủ nghĩa vụ đại lý thuế theo quy định, từ đó bảo vệ trọn vẹn quyền lợi khấu trừ chi phí hợp lý khi xác định nghĩa vụ thuế TNDN của công ty.

Việc tuân thủ đúng quy định thuế giúp doanh nghiệp tránh phạt hành chính (từ 2.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng tùy mức độ vi phạm theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP) và tối ưu hóa chi phí khấu trừ. Đồng thời, đảm bảo hợp đồng minh bạch, giảm thiểu tranh chấp pháp lý. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.