Anh chị cho em hỏi bên em có dự án xây dựng với nhiều hạng mục thuê thầu phụ. Một số đội thầu phụ là cá nhân nên không xuất hóa đơn, chỉ đưa bảng kê công việc. Thuế yêu cầu hóa đơn hợp lệ mới được đưa vào chi phí. Trong thực tế trường hợp này xử lý sao cho đúng mà vẫn hợp lý vậy mọi người?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Quy định pháp lý về hóa đơn và chứng từ hợp lệ cho chi phí khấu trừ thuế

Theo quy định tại Nghị định số 123/2020/NĐ-CP của Chính phủ quy định về hóa đơn, chứng từ khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, hóa đơn là chứng từ bắt buộc để ghi nhận giao dịch cung cấp dịch vụ, bao gồm các hạng mục thầu phụ trong dự án xây dựng. Cụ thể, Điều 3 Nghị định 123/2020/NĐ-CP quy định nguyên tắc lập và sử dụng hóa đơn phải đảm bảo tính hợp pháp, trung thực và chính xác, nhằm phục vụ việc kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) và chi phí được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN).

Thông tư số 32/2025/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Nghị định 123/2020/NĐ-CP bổ sung chi tiết tại Điều 10 và Điều 14, quy định rằng đối với cá nhân không đăng ký kinh doanh hoặc hộ kinh doanh nhỏ lẻ, họ không bắt buộc xuất hóa đơn GTGT nếu doanh thu dưới mức quy định (dưới 100 triệu đồng/năm theo Luật Thuế GTGT 2024g). Tuy nhiên, để đưa chi phí thầu phụ vào diện được trừ khi tính thuế TNDN theo Luật Thuế TNDN 2025, doanh nghiệp phải có chứng từ hợp pháp thay thế hóa đơn, tránh rủi ro bị cơ quan thuế loại trừ chi phí.

Xử lý trường hợp thầu phụ là cá nhân không xuất hóa đơn

Trong thực tế dự án xây dựng, khi thầu phụ là cá nhân chỉ cung cấp bảng kê công việc mà không xuất hóa đơn, doanh nghiệp cần hợp thức hóa chứng từ để đảm bảo tính hợp lệ, tránh bị truy thu thuế hoặc phạt hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP (quy định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, từ 20% đến 100% số tiền thuế bị kê khai sai, tối thiểu 2.000.000 đồng). Các ý chính cần lưu ý bao gồm:

• Yêu cầu chứng từ thay thế hóa đơn: Bảng kê công việc chỉ là tài liệu nội bộ, không đủ để khấu trừ thuế. Doanh nghiệp phải thu thập thêm biên lai thu thuế thu nhập cá nhân (TNCN) hoặc chứng từ khấu trừ thuế TNCN tại nguồn theo Thông tư 78/2021/TT-BTC, Điều 16. Nếu thầu phụ là cá nhân kinh doanh nộp thuế khoán, họ có thể cung cấp biên lai nộp thuế khoán thay thế.
• Ký hợp đồng rõ ràng: Hợp đồng thầu phụ phải được lập bằng văn bản theo Bộ luật Dân sự 2015 (Điều 401), quy định chi tiết phạm vi công việc, giá trị hạng mục, thời hạn và điều khoản thanh toán. Hợp đồng này kết hợp với bảng kê công việc sẽ là cơ sở để cơ quan thuế chấp nhận nếu không có hóa đơn.
• Khấu trừ thuế TNCN tại nguồn: Doanh nghiệp có trách nhiệm khấu trừ 10% thuế TNCN trên thu nhập từ 2 triệu đồng/lần trở lên theo Luật Thuế TNCN 2007 (sửa đổi), và nộp thay cho thầu phụ. Chứng từ khấu trừ này (mẫu theo Thông tư 32/2025/TT-BTC) sẽ thay thế hóa đơn để ghi nhận chi phí.

Quy trình xử lý chứng từ cho thầu phụ cá nhân

Để xử lý đúng quy định và hợp lý, doanh nghiệp nên thực hiện theo các bước sau, đảm bảo tính minh bạch và dễ dàng kiểm tra sau này:

Bước 1: Kiểm tra và phân loại thầu phụ

Xác định thầu phụ là cá nhân không đăng ký kinh doanh hay hộ kinh doanh cá thể. Nếu là cá nhân thuần túy, yêu cầu họ cung cấp giấy tờ cá nhân (CCCD) và cam kết không thuộc diện phải nộp thuế GTGT. Bước này giúp tránh rủi ro pháp lý ngay từ đầu, theo Điều 4 Nghị định 123/2020/NĐ-CP về nguyên tắc giao dịch.

Bước 2: Lập hợp đồng và bảng kê chi tiết

Ký hợp đồng thầu phụ với chữ ký hai bên, kèm bảng kê công việc cụ thể (mô tả hạng mục, khối lượng, đơn giá, tổng giá trị). Đảm bảo hợp đồng quy định rõ nghĩa vụ cung cấp chứng từ thay thế nếu không xuất hóa đơn, và doanh nghiệp sẽ khấu trừ thuế TNCN. Thời gian thực hiện bước này trước khi khởi công hạng mục để tránh tranh chấp sau.

Bước 3: Thu thập và khấu trừ chứng từ

Sau khi hoàn thành công việc, thu bảng kê đã ký xác nhận, biên lai khấu trừ thuế TNCN (do doanh nghiệp cấp), và chứng từ thanh toán (chuyển khoản ngân hàng ưu tiên theo Thông tư 78/2021/TT-BTC, Điều 4 để tăng tính hợp lệ). Nếu thầu phụ nộp thuế khoán, yêu cầu biên lai nộp thuế từ cơ quan thuế địa phương.

Bước 4: Kê khai và lưu trữ hồ sơ

Ghi nhận chi phí vào sổ sách kế toán theo Thông tư 99/2025/TT-BTC (hướng dẫn chế độ kế toán doanh nghiệp), kèm bộ hồ sơ đầy đủ khi kê khai thuế TNDN và GTGT. Lưu trữ ít nhất 10 năm theo Luật Quản lý thuế 2019. Nếu cơ quan thuế kiểm tra, bộ hồ sơ này sẽ chứng minh tính hợp pháp của chi phí.

• Hồ sơ cần thiết bao gồm:
• Hợp đồng thầu phụ (bản gốc).
• Bảng kê công việc đã ký xác nhận.
• Biên lai khấu trừ thuế TNCN (mẫu quy định).
• Chứng từ thanh toán (sao kê ngân hàng hoặc biên nhận tiền mặt nếu dưới 20 triệu đồng).
• Giấy tờ cá nhân của thầu phụ (nếu cần).

Việc tuân thủ giúp doanh nghiệp tránh phạt từ 4.000.000 đồng đến 50.000.000 đồng do thiếu chứng từ theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, đồng thời tối ưu hóa chi phí khấu trừ thuế, đảm bảo dòng tiền ổn định cho dự án.

Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.