Khoản tiền công tác phí mà công ty chi trả cho tôi theo hình thức khoán trọn gói hàng tháng hiện đang bị yêu cầu tính vào thu nhập chịu thuế do không đủ chứng từ từng chuyến đi, trong khi thực tế tôi vẫn đi làm việc đầy đủ nhưng không giữ lại hóa đơn lẻ, nếu truy thu lại toàn bộ phần này cho ba năm liên tiếp thì nghĩa vụ thuộc về cá nhân hay doanh nghiệp phải chịu trách nhiệm?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Quy định về khoản chi công tác phí khoán trọn gói

Theo quy định tại Luật Thuế thu nhập cá nhân 2025 và hướng dẫn tại Thông tư 111/2013/TT-BTC, khoản phụ cấp công tác phí chỉ được miễn thuế TNCN nếu đáp ứng đủ hai điều kiện song song:

• Quy chế nội bộ rõ ràng: Mức chi khoán phải được quy định cụ thể tại Quy chế tài chính hoặc Quy chế chi tiêu nội bộ của doanh nghiệp.
• Chứng từ chứng minh tính thực tế: Mặc dù là "khoán trọn gói", nhưng để không bị tính vào thu nhập chịu thuế, doanh nghiệp vẫn phải chứng minh được người lao động có đi công tác thật sự.

Nếu doanh nghiệp chỉ chi tiền hàng tháng mà không có quyết định cử đi công tác, lịch trình làm việc hoặc các cuống vé, hóa đơn lẻ đi kèm, cơ quan thuế có đủ căn cứ để xác định đây là một khoản "thu nhập tăng thêm" trá hình và yêu cầu tính vào thu nhập chịu thuế TNCN theo biểu thuế lũy tiến.

Xem thêm: Có trường hợp nào khi doanh nghiệp đã hoàn tất thủ tục tạm ngừng kinh doanh đúng quy định nhưng do sơ suất của kế toán không nộp báo cáo thuế đúng hạn cho kỳ trước thời điểm tạm ngừng nên vẫn bị tính tiền phạt chậm nộp và tiền chậm nộp thuế, dù thực tế không phát sinh doanh thu, vậy mức phạt này có thể xin xem xét giảm nhẹ không?

Hậu quả pháp lý khi thiếu chứng từ và bị truy thu thuế

Việc thực tế có đi công tác nhưng thiếu chứng từ là một sai sót phổ biến dẫn đến rủi ro tài chính lớn cho cả doanh nghiệp và cá nhân:

• Đối với cá nhân: Khoản tiền khoán (ví dụ 10.000.000 đồng/tháng) sẽ được cộng gộp vào tiền lương hàng tháng để tính thuế theo biểu thuế lũy tiến từ 5% đến 35%. Với 3 năm liên tiếp (36 tháng), số thuế truy thu có thể lên đến hàng trăm triệu đồng tùy vào mức thuế suất mà cá nhân đó đang áp dụng.
• Đối với doanh nghiệp: Theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, khoản chi không có đủ hóa đơn chứng từ hợp lệ sẽ bị loại khỏi chi phí được trừ. Điều này dẫn đến việc doanh nghiệp phải nộp bổ sung 20% thuế TNDN trên tổng số tiền công tác phí đã chi trong 3 năm qua.

Trách nhiệm và quy trình xử lý rủi ro truy thu năm 2026

Căn cứ Luật Quản lý thuế 2019, doanh nghiệp là đơn vị có trách nhiệm khấu trừ tại nguồn, nên khi có sai sót, doanh nghiệp sẽ là đối tượng bị xử lý trực tiếp. Anh/Chị cần thực hiện theo các bước sau để giảm thiểu thiệt hại:

Bước 1: Rà soát và "hợp lệ hóa" bộ hồ sơ công tác phí Anh/Chị cần tập hợp tất cả các bằng chứng gián tiếp chứng minh việc đi công tác là có thật để giải trình với đoàn kiểm tra. Giải thích chi tiết từ 3-5 dòng: Thay vì chỉ dựa vào hóa đơn lẻ đã mất, Anh/Chị hãy tập hợp các Quyết định cử đi công tác, Lịch trình di chuyển, Biên bản làm việc với đối tác hoặc email trao đổi công việc tại địa điểm công tác. Theo quy định tại Luật Thuế thu nhập cá nhân 2025, các chứng từ này giúp củng cố lập luận rằng khoản chi khoán là phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh chứ không phải thù lao cá nhân. Nếu hồ sơ giải trình logic và nhất quán, cơ quan thuế có thể xem xét chỉ truy thu một phần hoặc chấp nhận mức khoán hợp lý thay vì loại bỏ toàn bộ 100% chi phí.

Xem thêm: Trong quá trình rà soát lại hồ sơ vay vốn, tôi phát hiện trước đây từng cho người quen mượn tài khoản cá nhân nhận tiền hàng hộ, nay bị cơ quan thuế yêu cầu kê khai bổ sung thu nhập cho thời gian đó, vậy việc giải trình muộn có bị xem là hành vi trốn thuế không?

Bước 2: Xác định trách nhiệm tài chính giữa Doanh nghiệp và Cá nhân Doanh nghiệp cần làm việc với người lao động để thống nhất phương án nộp số thuế truy thu và tiền chậm nộp. Giải thích chi tiết từ 3-5 dòng: Theo nguyên tắc, thuế TNCN là nghĩa vụ của cá nhân, nhưng doanh nghiệp có lỗi trong việc không hướng dẫn thu thập chứng từ. Do đó, hai bên cần thỏa thuận về việc chia sẻ gánh nặng tài chính này. Doanh nghiệp nên nộp trước toàn bộ số thuế và tiền chậm nộp 0,03%/ngày vào Ngân sách Nhà nước để tránh bị cưỡng chế hóa đơn theo Luật Quản lý thuế 2019, sau đó mới thực hiện khấu trừ dần vào lương của người lao động theo thỏa thuận. Việc này giúp đảm bảo tính tuân thủ pháp luật năm 2026 và duy trì quan hệ lao động ổn định trong quá trình xử lý hậu quả thanh tra.

Bước 3: Hoàn thiện quy chế và nộp tờ khai điều chỉnh Anh/Chị thực hiện nộp tờ khai quyết toán thuế TNCN bổ sung cho 3 năm qua và cập nhật lại quy chế chi tiêu cho các năm tới. Giải thích chi tiết từ 3-5 dòng: Việc chủ động kê khai bổ sung trước khi có quyết định xử phạt chính thức sẽ giúp doanh nghiệp được hưởng các tình tiết giảm nhẹ về xử phạt vi phạm hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Đồng thời, Anh/Chị phải sửa đổi ngay Quy chế khoán công tác phí, yêu cầu bắt buộc phải đính kèm vé máy bay hoặc xác nhận của đơn vị đến công tác cho các kỳ tiếp theo. Đây là giải pháp bền vững để bảo vệ chi phí được trừ theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, tránh việc sai sót lặp lại gây thiệt hại tài chính định kỳ cho doanh nghiệp và rủi ro pháp lý cho cán bộ quản lý.

Việc tuân thủ đầy đủ chứng từ giúp doanh nghiệp và cá nhân tránh rủi ro truy thu, giảm thiểu chi phí thuế và duy trì uy tín với cơ quan nhà nước. Đồng thời, áp dụng đúng quy định còn hỗ trợ tối ưu hóa chi phí hoạt động kinh doanh. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.