Mọi người cho em hỏi, lý do bị từ chối hoàn thuế này là bị sao ạ: Người nộp thuế gửi lại tờ khai bổ sung do thay đổi chương hạch toán chứng từ theo chính quyền hai cấp. Em cần làm gì ạ? Em cảm ơn ạ.

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, chúng tôi xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau:

1. Lý do từ chối hoàn thuế

Lý do “Người nộp thuế gửi lại tờ khai bổ sung do thay đổi chương hạch toán chứng từ theo chính quyền hai cấp” thường xuất hiện khi cơ quan thuế phát hiện hồ sơ khai thuế có sai sót hoặc không phù hợp với quy định về hạch toán chứng từ theo hệ thống chính quyền hai cấp. Trong trường hợp này, “chính quyền hai cấp” thường ám chỉ cơ chế quản lý thuế giữa cơ quan thuế cấp trung ương (Tổng cục Thuế) và cấp địa phương (Cục Thuế/Chi cục Thuế).

Sai sót có thể liên quan đến việc phân bổ thuế giữa trụ sở chính và chi nhánh, hoặc chứng từ hạch toán không khớp với dữ liệu trên hệ thống eTax. Cụ thể, lỗi này có thể phát sinh từ:

• Phân bổ sai số thuế thu nhập cá nhân (TNCN) hoặc thuế giá trị gia tăng (GTGT) giữa trụ sở chính và chi nhánh.
• Chứng từ hạch toán không đầy đủ, không hợp lệ hoặc không tuân thủ quy định về hóa đơn điện tử.
• Tờ khai bổ sung chưa điều chỉnh đúng các chỉ tiêu liên quan đến số liệu hạch toán.

Để xác định chính xác nguyên nhân, Anh/Chị cần kiểm tra thông báo từ chối cụ thể trên hệ thống eTax hoặc liên hệ trực tiếp cơ quan thuế quản lý (Cục Thuế/Chi cục Thuế) để nhận thông báo chi tiết nêu rõ lý do từ chối.

2. Các bước cần làm để xử lý

Để giải quyết vấn đề từ chối hoàn thuế, Anh/Chị cần thực hiện các bước sau:

• Kiểm tra thông báo từ chối trên eTax: Đăng nhập vào hệ thống eTax hoặc eTax Mobile để tra cứu trạng thái hồ sơ hoàn thuế (mã giao dịch, thông báo từ chối). Thông báo sẽ nêu rõ các sai sót cần điều chỉnh. Nếu chưa nhận được thông báo, Anh/Chị nên liên hệ cơ quan thuế để yêu cầu cung cấp.
• Rà soát chứng từ và tờ khai: Đối chiếu các chứng từ hạch toán (hóa đơn, chứng từ khấu trừ thuế TNCN, hợp đồng lao động, v.v.) với tờ khai đã nộp. Đảm bảo các chỉ tiêu như tổng thu nhập chịu thuế, số thuế đã khấu trừ, và phân bổ thuế giữa trụ sở chính và chi nhánh (nếu có) là chính xác.
• Nộp tờ khai bổ sung: Nếu phát hiện sai sót, Anh/Chị cần lập tờ khai bổ sung theo mẫu 02/QTT-TNCN (đối với thuế TNCN) hoặc mẫu tương ứng (đối với thuế GTGT) trên hệ thống eTax. Đính kèm bản giải trình (mẫu 01-1/KHBS) nêu rõ lý do điều chỉnh, ví dụ: “Điều chỉnh sai sót trong phân bổ thuế giữa trụ sở chính và chi nhánh theo quy định chính quyền hai cấp”.
• Cung cấp tài liệu bổ sung: Nếu cơ quan thuế yêu cầu bổ sung chứng từ (hóa đơn, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, v.v.), hãy chuẩn bị và nộp trong thời hạn 02 ngày làm việc kể từ ngày nhận thông báo.
• Liên hệ cơ quan thuế: Nếu không rõ nguyên nhân từ chối hoặc cần hướng dẫn cụ thể, Anh/Chị nên liên hệ trực tiếp cơ quan thuế quản lý (qua điện thoại, email, hoặc đến trực tiếp) để được hỗ trợ.

Lưu ý, theo khoản 2 Điều 44 Luật Quản lý Thuế 2019, thời hạn nộp tờ khai bổ sung không bị phạt chậm nộp nếu thực hiện trước khi cơ quan thuế thông báo kiểm tra. Tuy nhiên, nếu có số thuế phải nộp thêm, Anh/Chị cần nộp kịp thời để tránh tiền chậm nộp.

3. Lưu ý khi điều chỉnh hồ sơ

Khi lập tờ khai bổ sung, Anh/Chị cần chú ý:

• Đảm bảo tính chính xác: Kiểm tra kỹ các chỉ tiêu như [21] (tổng thu nhập chịu thuế), [31] (tổng số thuế TNCN đã khấu trừ) trên tờ khai 02/QTT-TNCN. Nếu liên quan đến thuế GTGT, kiểm tra số thuế đề nghị hoàn và chứng từ thanh toán qua ngân hàng (đối với giao dịch từ 20 triệu đồng trở lên).
• Tuân thủ quy định hạch toán: Đối với doanh nghiệp có chi nhánh, cần phân bổ đúng số thuế TNCN hoặc GTGT giữa trụ sở chính và chi nhánh theo hướng dẫn tại Công văn 828/TCT-KK ngày 25/02/2025.
• Sử dụng hệ thống eTax: Đảm bảo tài khoản giao dịch điện tử đã được đăng ký và xác thực OTP khi nộp hồ sơ. Nếu hồ sơ vẫn ở trạng thái “TMS – Gói tin hạch toán thành công” nhưng chưa được xử lý, hãy kiểm tra email hoặc thông báo trên eTax Mobile.

4. Hành động ngay để tránh rủi ro

Để tránh rủi ro bị từ chối lần nữa hoặc bị kiểm tra trước hoàn thuế, Anh/Chị nên:

• Chủ động kiểm tra và lưu trữ đầy đủ chứng từ liên quan (hóa đơn, hợp đồng, chứng từ khấu trừ thuế).
• Nếu doanh nghiệp có chi nhánh, đảm bảo phân bổ thuế đúng theo quy định tại Nghị định 126/2020/NĐ-CP và Thông tư 80/2021/TT-BTC.
• Trong trường hợp phức tạp (ví dụ: sai sót liên quan đến nhiều kỳ thuế hoặc nhiều chi nhánh), Anh/Chị nên tham khảo ý kiến từ đơn vị tư vấn pháp lý hoặc kế toán chuyên nghiệp để đảm bảo hồ sơ đạt chuẩn.

Công ty Luật ACC sẵn sàng đồng hành cùng Anh/Chị để giải quyết vấn đề này một cách nhanh chóng và hiệu quả. Vui lòng liên hệ ngay để được hỗ trợ