Có trường hợp nào bị từ chối hoàn thuế dù thực tế nộp dư không, và lý do thường là gì vậy?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Có trường hợp bị từ chối hoàn thuế dù thực tế nộp dư không?

Có, theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2019 (Điều 60), cơ quan thuế có quyền từ chối hoàn thuế ngay cả khi người nộp thuế chứng minh được số tiền nộp dư, nếu không đáp ứng đầy đủ các điều kiện pháp lý hoặc hồ sơ không hợp lệ. Việc từ chối này nhằm đảm bảo tính chính xác, minh bạch trong quản lý ngân sách nhà nước, tránh thất thoát và lạm dụng chính sách hoàn thuế. Trong thực tiễn, các trường hợp từ chối thường xảy ra với doanh nghiệp nhỏ và vừa hoặc cá nhân kinh doanh, đặc biệt khi kê khai thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) hoặc thuế giá trị gia tăng (GTGT) có sai sót.

Xem thêm: Chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân điện tử bị sai địa chỉ thường trú của người lao động thì có phải hủy để xuất lại cái mới không hay chỉ cần ghi chú điều chỉnh là được dùng để quyết toán thuế ạ?

Lý do thường gặp dẫn đến từ chối hoàn thuế

Dựa trên Nghị định 126/2020/NĐ-CP (Điều 28) và Thông tư 80/2021/TT-BTC (Điều 28 đến Điều 32), các lý do từ chối hoàn thuế dù nộp dư thường bao gồm những vấn đề sau, được phân loại rõ ràng để người nộp thuế dễ nhận diện và khắc phục:

Xem thêm: Sau khi nhận tiền đền bù bảo hiểm do tai nạn giao thông, tôi bất ngờ được yêu cầu kê khai thuế vì khoản tiền lớn chuyển vào tài khoản, mặc dù đây là tiền bồi thường thiệt hại chứ không phải thu nhập từ hoạt động kinh doanh hay đầu tư, vậy khoản bồi thường bảo hiểm này có thuộc diện chịu thuế thu nhập cá nhân hay không?

• Hồ sơ hoàn thuế không đầy đủ hoặc không hợp lệ: Người nộp thuế phải nộp đầy đủ các tài liệu theo quy định tại Thông tư 80/2021/TT-BTC, chẳng hạn như tờ khai quyết toán thuế, chứng từ nộp thuế dư và báo cáo tài chính. Nếu thiếu một trong các giấy tờ này, hoặc tài liệu bị sai sót (ví dụ: số liệu không khớp với hệ thống quản lý thuế điện tử), cơ quan thuế sẽ từ chối ngay lập tức mà không cần kiểm tra sâu.
• Không đáp ứng điều kiện hoàn thuế theo pháp luật: Theo Luật Quản lý thuế 2019 (Khoản 2 Điều 60), hoàn thuế chỉ được thực hiện nếu người nộp thuế không có nợ thuế quá hạn, không thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế, và số dư nộp phải từ hoạt động kinh doanh hợp pháp. Nếu phát hiện người nộp thuế đang bị truy thu thuế từ kỳ trước hoặc có dấu hiệu trốn thuế (như kê khai khấu trừ GTGT giả mạo), yêu cầu hoàn sẽ bị bác bỏ, dù số dư thực tế tồn tại.
• Kết quả kiểm tra, thanh tra phát hiện sai sót: Nghị định 126/2020/NĐ-CP (Điều 47) quy định cơ quan thuế có thể kiểm tra trước hoặc sau khi hoàn thuế. Nếu trong quá trình kiểm tra, phát hiện kê khai sai (ví dụ: chi phí khấu trừ không hợp lý hoặc hóa đơn GTGT không hợp lệ), hoàn thuế sẽ bị từ chối hoặc thu hồi nếu đã chi trả. Trường hợp này thường xảy ra với tỷ lệ từ chối khoảng 20-30% theo thống kê của Tổng cục Thuế, chủ yếu do lỗi kê khai ban đầu.
• Vi phạm quy định về thời hạn và hình thức nộp hồ sơ: Theo Thông tư 80/2021/TT-BTC (Điều 29), hồ sơ hoàn thuế phải nộp trong thời hạn 10 năm kể từ ngày phát sinh số dư, và phải qua hệ thống điện tử iHTKK hoặc eTax. Nếu nộp muộn hoặc không đúng hình thức, yêu cầu sẽ bị từ chối mà không xem xét nội dung số dư.

Để tránh từ chối, người nộp thuế nên kiểm tra kỹ hồ sơ trước khi nộp và có thể yêu cầu cơ quan thuế hướng dẫn bổ sung nếu cần.

Việc tuân thủ nghiêm ngặt các quy định về hoàn thuế không chỉ giúp tránh rủi ro từ chối mà còn tối ưu hóa dòng tiền cho doanh nghiệp, giảm thiểu chi phí pháp lý phát sinh từ khiếu nại. Đồng thời, điều này góp phần xây dựng môi trường kinh doanh minh bạch, hỗ trợ phát triển bền vững. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.