Em có một tình huống hơi phức tạp. Công ty em mua nguyên liệu từ một nhà cung cấp, đã thanh toán đủ và nhận hàng đầy đủ. Nhưng sau đó cơ quan thuế kiểm tra thì phát hiện bên bán đã ngừng hoạt động từ trước ngày xuất hóa đơn, và cho rằng hóa đơn bên em nhận là không hợp pháp. Giờ bên em đang bị yêu cầu truy thu thuế và phạt khá nặng. Thực tế bên em mua hàng thật, tiền chuyển khoản đầy đủ, nhưng không biết có cách nào để bảo vệ quyền lợi của mình không, mọi người tư vấn giúp em với?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Tính hợp lệ của hóa đơn trong trường hợp nhà cung cấp ngừng hoạt động

Theo quy định tại Thông tư số 39/2014/TT-BTC hướng dẫn thi hành Nghị định số 51/2010/NĐ-CP về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ, hóa đơn được coi là hợp pháp nếu được xuất bởi doanh nghiệp đang hoạt động hợp pháp tại thời điểm giao dịch. Trong trường hợp nhà cung cấp đã ngừng hoạt động trước ngày xuất hóa đơn (xác định qua đăng ký kinh doanh hoặc thông báo với cơ quan thuế), hóa đơn sẽ bị cơ quan thuế xác định là không hợp lệ. Điều này dẫn đến việc doanh nghiệp mua hàng không được khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào và không được tính chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), theo Thông tư 78/2014/TT-BTC quy định về các khoản chi được trừ.

Rủi ro pháp lý đối với doanh nghiệp

Doanh nghiệp có thể bị truy thu thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ và điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế TNDN do không được trừ chi phí mua nguyên liệu. Ngoài ra, theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 102/2021/NĐ-CP) quy định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn, doanh nghiệp có thể bị phạt hành chính từ 20% đến 100% số thuế kê khai sai, với mức phạt cụ thể tùy theo hành vi: từ 2.000.000 đồng đến 50.000.000 đồng đối với vi phạm về hóa đơn không hợp lệ, và có thể lên đến 100.000.000 đồng nếu có dấu hiệu trốn thuế. Nếu không chứng minh được giao dịch thực tế, doanh nghiệp còn đối mặt với truy thu toàn bộ số tiền thuế và lãi chậm nộp (0,03%/ngày).

Các biện pháp bảo vệ quyền lợi

Để bảo vệ quyền lợi, doanh nghiệp cần chứng minh giao dịch mua bán là thực tế, không phải hình thức, dựa trên các chứng cứ cụ thể. Theo quy định pháp luật, nếu chứng minh được hàng hóa đã nhận đầy đủ và sử dụng trong sản xuất kinh doanh, cơ quan thuế có thể xem xét chấp nhận khấu trừ thuế GTGT và chi phí được trừ cho thuế TNDN, ngay cả khi hóa đơn không hợp lệ về hình thức.

• Kiểm tra tình trạng pháp lý của nhà cung cấp: Tra cứu trên Cổng thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp (dangkykinhdoanh.gov.vn) hoặc hệ thống của Tổng cục Thuế để xác minh trạng thái hoạt động tại thời điểm giao dịch.
• Thu thập chứng cứ giao dịch thực tế: Bao gồm hợp đồng mua bán, biên bản giao nhận hàng hóa, phiếu nhập kho, chứng từ thanh toán qua chuyển khoản ngân hàng, và các tài liệu liên quan chứng minh nguyên liệu đã được sử dụng (như báo cáo sản xuất).
• Điều chỉnh kê khai thuế: Giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ trên tờ khai thuế GTGT kỳ phát sinh, và điều chỉnh tăng chi phí không được trừ trên tờ khai quyết toán thuế TNDN theo Thông tư 78/2014/TT-BTC.

Quy trình giải trình với cơ quan thuế

Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ giải trình

Doanh nghiệp cần soạn văn bản giải trình chi tiết, nêu rõ tình huống giao dịch thực tế và đính kèm toàn bộ chứng cứ (hợp đồng, biên bản giao nhận, chứng từ thanh toán). Hồ sơ phải chứng minh không có hành vi gian lận, đồng thời trích dẫn cơ sở pháp lý từ Thông tư 39/2014/TT-BTC và Nghị định 125/2020/NĐ-CP để yêu cầu xem xét chấp nhận khấu trừ. Thời hạn chuẩn bị nên trong vòng 10-15 ngày để tránh chậm trễ.

Bước 2: Nộp hồ sơ và khiếu nại

Nộp trực tiếp hoặc qua cổng thông tin điện tử của cơ quan thuế địa phương (Cục Thuế tỉnh/thành phố) kèm theo biên bản kiểm tra thuế. Nếu quyết định truy thu ban đầu không thỏa đáng, doanh nghiệp có quyền khiếu nại theo Luật Quản lý thuế 2019, trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày nhận quyết định. Cơ quan thuế sẽ xem xét lại dựa trên chứng cứ, có thể tổ chức đối thoại để làm rõ.

Bước 3: Theo dõi và thực hiện quyết định

Theo dõi phản hồi từ cơ quan thuế trong vòng 30-60 ngày. Nếu được chấp nhận, doanh nghiệp được điều chỉnh lại tờ khai thuế và hoàn thuế nếu có. Nếu không, có thể khởi kiện hành chính tại Tòa án nhân dân theo Bộ luật Tố tụng hành chính 2015 để bảo vệ quyền lợi.

Doanh nghiệp nên ưu tiên giao dịch với nhà cung cấp uy tín, thường xuyên tra cứu thông tin đối tác trên hệ thống thuế để tránh rủi ro tương tự.

Việc tuân thủ nghiêm ngặt quy định về hóa đơn và chứng minh giao dịch thực tế giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro truy thu thuế, tránh phạt hành chính và duy trì uy tín kinh doanh. Đồng thời, điều này đảm bảo dòng tiền ổn định và tối ưu hóa chi phí thuế. Công ty Luật ACC sẵn sàng đồng hành cùng Anh/Chị để giải quyết vấn đề này một cách nhanh chóng và hiệu quả. Vui lòng liên hệ ngay để được hỗ trợệ Công Ty Luật ACC.