Anh chị cho em hỏi, công ty em muốn làm hồ sơ quyết toán thuế TNDN nhưng bị thất lạc mất một vài hóa đơn đầu vào. Có cách nào để giải quyết vấn đề này không ạ?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, chúng tôi xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau:

1. Tác động của việc thất lạc hóa đơn đầu vào khi quyết toán thuế TNDN

Theo Điều 11 Luật Quản lý thuế 2019 và Thông tư 78/2014/TT-BTC (sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 96/2015/TT-BTC), hóa đơn đầu vào hợp pháp là điều kiện để doanh nghiệp khấu trừ thuế giá trị gia tăng (VAT) và ghi nhận chi phí được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Nếu thiếu hóa đơn, các chi phí liên quan sẽ không được cơ quan thuế chấp nhận, dẫn đến tăng thu nhập chịu thuế và có thể bị truy thu thuế, kèm phạt chậm nộp (0,03%/ngày) và phạt hành chính từ 4-8 triệu đồng theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Trong trường hợp của Anh/Chị, việc thất lạc hóa đơn đầu vào có thể gây rủi ro pháp lý và tài chính, đặc biệt nếu cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ quyết toán.

2. Các biện pháp xử lý khi thất lạc hóa đơn đầu vào

Để giải quyết, Anh/Chị có thể áp dụng các biện pháp sau:

• Liên hệ nhà cung cấp để xin cấp lại bản sao hóa đơn: Theo Điều 24 Thông tư 39/2014/TT-BTC, trường hợp mất hóa đơn, doanh nghiệp có thể yêu cầu bên bán cung cấp bản sao hóa đơn có ký xác nhận của người bán. Bản sao này phải kèm theo công văn giải trình mất hóa đơn (theo mẫu hoặc tự soạn) gửi cơ quan thuế quản lý bên bán để được chấp thuận. Công văn cần nêu rõ lý do mất, số hóa đơn, ngày phát hành, và cam kết chịu trách nhiệm.
• Sử dụng tài liệu thay thế: Nếu không xin được bản sao, Anh/Chị có thể sử dụng các chứng từ liên quan như hợp đồng, biên bản nghiệm thu, phiếu chi, hoặc bảng kê thanh toán để chứng minh giao dịch thực tế. Tuy nhiên, theo Công văn 2402/TCT-CS năm 2015, các tài liệu này chỉ hỗ trợ chứng minh chi phí khi cơ quan thuế kiểm tra, không thay thế hoàn toàn hóa đơn hợp pháp. Do đó, tính thuyết phục phụ thuộc vào sự hợp lý của hồ sơ.
• Lập biên bản mất hóa đơn: Theo Điều 24 Thông tư 39/2014/TT-BTC, Anh/Chị cần lập biên bản ghi nhận sự việc mất hóa đơn, có chữ ký của cả hai bên mua và bán. Biên bản này cần được gửi đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp trong thời hạn 5 ngày kể từ khi phát hiện mất hóa đơn để tránh bị coi là vi phạm.

3. Quy trình báo cáo và xử lý với cơ quan thuế

Để giảm thiểu rủi ro truy thu, Anh/Chị cần thực hiện các bước sau:

• Thông báo mất hóa đơn: Theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP, doanh nghiệp phải thông báo mất hóa đơn với cơ quan thuế trong vòng 5 ngày kể từ khi phát hiện, sử dụng mẫu TB01/AC. Việc thông báo kịp thời giúp giảm mức phạt hành chính và thể hiện sự tuân thủ.
• Chuẩn bị hồ sơ giải trình: Khi nộp hồ sơ quyết toán thuế TNDN, Anh/Chị cần chuẩn bị giải trình chi tiết về các hóa đơn bị mất, kèm theo bản sao hóa đơn (nếu có), biên bản mất hóa đơn, và các chứng từ thay thế. Hồ sơ này nên được nộp cùng báo cáo quyết toán để cơ quan thuế xem xét.
• Làm việc với cơ quan thuế: Nếu cơ quan thuế yêu cầu bổ sung, Anh/Chị nên phối hợp sớm, cung cấp đầy đủ tài liệu chứng minh chi phí thực tế. Trong một số trường hợp, nếu chi phí không lớn và có đầy đủ chứng từ thay thế, cơ quan thuế có thể linh hoạt chấp nhận.

4. Khuyến nghị để tránh rủi ro trong tương lai

Để tránh tái diễn, Anh/Chị nên:

• (i) Lưu trữ hóa đơn điện tử trên hệ thống số hóa, đồng bộ với phần mềm kế toán để dễ dàng tra cứu;
• (ii) Đào tạo nhân sự về quy trình lưu trữ và kiểm tra hóa đơn định kỳ;
• (iii) Sử dụng dịch vụ tư vấn thuế chuyên nghiệp để rà soát hồ sơ trước quyết toán, đảm bảo tuân thủ quy định.

Ngoài ra, cần kiểm tra kỹ thời hạn quyết toán thuế TNDN (90 ngày sau khi kết thúc năm tài chính, thường là 31/3) để tránh nộp muộn, dẫn đến phạt từ 1-15 triệu đồng theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Công ty Luật ACC sẵn sàng đồng hành cùng Anh/Chị để giải quyết vấn đề này một cách nhanh chóng và hiệu quả. Vui lòng liên hệ ngay để được hỗ trợ!