Em muốn hỏi anh chị ą. Công ty em nộp thuế quên không tách thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu thì biện pháp xử lý như thế nào ą, anh chị xem giải đáp giúp em ą, em cảm ơn ą.

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Hậu quả pháp lý khi quên tách thuế nhập khẩu và GTGT

Việc quên tách riêng thuế nhập khẩu (thuế NK) và thuế giá trị gia tăng (GTGT) trong khai báo hải quan có thể dẫn đến sai sót trong việc tính toán và nộp thuế, vi phạm quy định về thủ tục hải quan. Theo Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016, hàng hóa nhập khẩu phải chịu thuế NK dựa trên giá tính thuế và biểu thuế áp dụng, đồng thời phải khai báo đầy đủ để cơ quan hải quan xác định. Tương tự, Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định GTGT đối với hàng nhập khẩu được tính trên cơ sở giá tính thuế NK cộng với thuế NK. Nếu không tách riêng, doanh nghiệp có thể bị truy thu thuế, phạt hành chính từ 20% đến 100% số tiền thuế chậm nộp hoặc khai sai, theo Nghị định số 125/2020/NĐ-CP. Mức phạt cụ thể có thể từ 2.000.000 đồng đến 100.000.000 đồng tùy theo mức độ vi phạm, kèm lãi chậm nộp 0,03%/ngày.

Quy trình xử lý khắc phục

Để khắc phục tình trạng quên tách thuế, doanh nghiệp cần thực hiện khai bổ sung và nộp bổ sung theo quy định hải quan, đảm bảo tuân thủ thời hạn để giảm thiểu rủi ro phạt. Quy trình được hướng dẫn chi tiết tại Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, tập trung vào việc điều chỉnh tờ khai hải quan và hoàn tất nghĩa vụ thuế.

Bước 1: Kiểm tra và xác định sai sót

Doanh nghiệp rà soát lại tờ khai hải quan gốc, xác định phần thuế NK và GTGT chưa tách riêng, dựa trên giá CIF (Cost, Insurance and Freight) cộng chi phí khác để tính thuế NK theo Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016. Đồng thời, tính GTGT theo công thức: GTGT = (Giá tính thuế NK + Thuế NK) x 10% (hoặc mức thuế suất áp dụng). Việc này giúp xác định số tiền thuế cần bổ sung hoặc hoàn nếu khai thừa, tránh phát sinh thêm chi phí lãi chậm nộp.

Bước 2: Nộp tờ khai bổ sung

Trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày thông quan (hoặc phát hiện sai sót), nộp tờ khai bổ sung tại Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục, kèm giải trình lý do quên tách thuế theo mẫu quy định tại Nghị định số 134/2016/NĐ-CP. Cơ quan hải quan sẽ kiểm tra và phê duyệt điều chỉnh, đồng thời hướng dẫn nộp bổ sung thuế NK và GTGT vào ngân sách nhà nước qua tài khoản kho bạc. Nếu phát hiện muộn hơn, vẫn có thể bổ sung nhưng phải chịu phạt hành chính theo quy định.

Bước 3: Nộp thuế và hoàn tất thủ tục

Sau khi tờ khai được chấp thuận, nộp ngay số thuế bổ sung (thuế NK và GTGT) kèm tiền phạt nếu có, sử dụng hóa đơn điện tử hoặc chứng từ nộp thuế theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024. Nếu khai thừa thuế, yêu cầu hoàn thuế theo quy trình tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP, với thời hạn hoàn trong 40 ngày kể từ ngày nộp hồ sơ hợp lệ. Doanh nghiệp cần lưu trữ chứng từ để khấu trừ GTGT đầu vào trong kỳ kê khai thuế tiếp theo.

Hồ sơ cần chuẩn bị

• Tờ khai hải quan bổ sung (theo mẫu HQ/2015-TKXSBN).
• Giải trình chi tiết về sai sót quên tách thuế, kèm tính toán lại thuế NK và GTGT.
• Hợp đồng nhập khẩu, hóa đơn thương mại, vận đơn chứng minh giá trị hàng hóa.
• Chứng từ nộp thuế gốc và chứng từ bổ sung (biên lai nộp tiền).
• Các tài liệu liên quan đến biểu thuế áp dụng (theo Phụ lục Nghị định số 134/2016/NĐ-CP).

Việc xử lý kịp thời giúp doanh nghiệp tránh các rủi ro pháp lý lâu dài, đồng thời đảm bảo dòng tiền ổn định cho hoạt động kinh doanh. Tuân thủ đúng quy định không chỉ giảm thiểu chi phí phạt mà còn nâng cao uy tín với cơ quan nhà nước. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.

Lưu ý: Nội dung trên được tổng hợp và biên soạn nhằm cung cấp thông tin tham khảo cho người đọc. Do quy định pháp luật, chính sách và dữ liệu có thể thay đổi theo thời gian, ACC không cam kết thông tin luôn chính xác hoặc cập nhật đầy đủ tại mọi thời điểm. Trường hợp cần áp dụng vào thực tế hoặc giải quyết vấn đề cụ thể, Quý khách vui lòng tham khảo ý kiến từ chuyên gia hoặc đơn vị tư vấn chuyên môn. Trường hợp phát hiện nội dung có sai sót, vui lòng phản hồi để ACC rà soát và cập nhật kịp thời.