Một công ty dịch vụ đào tạo có ký hợp đồng cung cấp khóa học cho doanh nghiệp khác, hợp đồng ghi rõ giá đã bao gồm thuế giá trị gia tăng, nhưng khi xuất hóa đơn kế toán lại quên cộng thuế và ghi giá thanh toán thấp hơn thực tế thỏa thuận, nay phát hiện sai sót thì có thể lập hóa đơn điều chỉnh tăng để thu thêm tiền thuế từ khách hàng không, và nếu khách hàng không đồng ý thanh toán phần chênh lệch thì doanh nghiệp phải xử lý phần thuế thiếu đó như thế nào?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Việc lập hóa đơn điều chỉnh tăng để thu thêm tiền thuế

Theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng số 38/2019/QH14 (đã được sửa đổi, bổ sung) và Nghị định 123/2020/NĐ-CP, doanh nghiệp có quyền lập hóa đơn điều chỉnh khi phát hiện sai sót về thuế suất hoặc tiền thuế, làm ảnh hưởng đến số thuế phải nộp. Vì hợp đồng đã thỏa thuận giá bao gồm thuế GTGT nhưng hóa đơn lại ghi thiếu, việc lập hóa đơn điều chỉnh tăng là hoàn toàn phù hợp để khớp số liệu giữa thực tế giao dịch và chứng từ kế toán.

Doanh nghiệp cần lưu ý, việc lập hóa đơn điều chỉnh phải được thực hiện kịp thời, trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thuế tại trụ sở. Điều này giúp doanh nghiệp tuân thủ đúng nguyên tắc tự kê khai, tự nộp thuế và bảo vệ quyền lợi thu hồi nợ từ khách hàng dựa trên các điều khoản đã ký kết trong hợp đồng dân sự.

Quy trình lập hóa đơn điều chỉnh

Quy trình điều chỉnh sai sót hóa đơn được thực hiện theo quy định tại Điều 19 Nghị định 123/2020/NĐ-CP như sau:

Bước 1: Xác định sai sót và lập văn bản thỏa thuận với bên mua Doanh nghiệp tiến hành rà soát đối chiếu giữa hợp đồng đào tạo và hóa đơn đã phát hành để xác định chính xác số tiền thuế GTGT bị thiếu. Hai bên cần lập biên bản ghi nhận sai sót, trong đó nêu rõ số hóa đơn gốc, lý do điều chỉnh (do ghi thiếu tiền thuế so với hợp đồng) và số tiền chênh lệch cần bổ sung. Việc lập biên bản có xác nhận của hai bên là căn cứ pháp lý quan trọng để bên mua có cơ sở thanh toán bổ sung, đồng thời giúp doanh nghiệp giải trình tính hợp lý của việc tăng doanh thu/thuế với cơ quan thuế sau này.

Bước 2: Lập hóa đơn điện tử điều chỉnh tăng tiền thuế Doanh nghiệp thực hiện lập hóa đơn điện tử điều chỉnh trên hệ thống, chọn tính năng "Điều chỉnh" và ghi rõ nội dung: "Điều chỉnh tăng tiền thuế GTGT cho hóa đơn số… ngày…". Hóa đơn này chỉ ghi nhận phần chênh lệch thuế GTGT cần thu thêm, các chỉ tiêu về tên hàng hóa, dịch vụ và đơn giá không thay đổi nếu không có sai sót. Hóa đơn phải được lập kịp thời ngay khi phát hiện sai sót và trước thời hạn kê khai thuế của kỳ phát sinh hoặc trước khi cơ quan thuế thực hiện kiểm tra để đảm bảo tính hợp lệ theo quy định pháp luật.

Bước 3: Gửi hóa đơn cho khách hàng và thực hiện kê khai bổ sung Sau khi ký số và gửi hóa đơn điều chỉnh cho khách hàng qua hệ thống điện tử, doanh nghiệp thực hiện kê khai bổ sung vào tờ khai thuế GTGT của kỳ phát sinh sai sót hoặc kỳ hiện tại tùy theo tình trạng nộp tờ khai. Doanh nghiệp có trách nhiệm nộp phần thuế chênh lệch vào ngân sách nhà nước, đồng thời theo dõi khoản phải thu bổ sung này trên sổ sách kế toán. Việc kê khai minh bạch và lưu trữ đầy đủ bộ hồ sơ gồm hợp đồng, biên bản thỏa thuận và hóa đơn điều chỉnh sẽ giúp doanh nghiệp chứng minh được tính trung thực của giao dịch, từ đó giảm thiểu tối đa các khoản phạt liên quan đến hành vi khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp.

Xử lý phần thuế thiếu khi khách hàng không đồng ý thanh toán

Trong trường hợp bên mua từ chối thanh toán phần thuế chênh lệch, doanh nghiệp vẫn phải thực hiện đầy đủ nghĩa vụ thuế với Nhà nước. Theo Điều 6 Luật Thuế giá trị gia tăng số 38/2019/QH14 (sửa đổi, bổ sung), người nộp thuế phải tự chịu trách nhiệm về tính chính xác của hồ sơ kê khai.

• Nghĩa vụ thuế: Doanh nghiệp vẫn phải nộp đủ số thuế GTGT thiếu kèm theo tiền chậm nộp mức 0,03%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp (tính bằng đồng) theo Luật Quản lý thuế 2019.
• Giải quyết tranh chấp: Dựa trên Bộ luật Dân sự 2015, doanh nghiệp có quyền yêu cầu khách hàng thực hiện đúng nghĩa vụ thanh toán theo hợp đồng đã bao gồm thuế. Nếu thương lượng không thành công, doanh nghiệp có thể khởi kiện tại tòa án để thu hồi quyền lợi, đồng thời ghi nhận phần thuế đã nộp thay cho khách hàng là một khoản nợ phải thu trong kỳ.

Việc tuân thủ đúng quy định về hóa đơn và thuế GTGT giúp doanh nghiệp tránh các khoản phạt hành chính, giảm thiểu rủi ro tranh chấp và đảm bảo dòng tiền ổn định. Đồng thời, duy trì uy tín với đối tác kinh doanh lâu dài. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.