Anh chị cho em hỏi, em làm hoàn thuế kỳ 2024, em đã nộp tờ khai 1 lần báo không chấp nhận do số thu nhập chịu thuế không khớp (công ty gửi chứng từ sai). Nhưng trong thông báo lại có ghi do đã tồn tại tờ khai chính thức nên yêu cầu nộp bổ sung. Em có lên dịch vụ công để khai lại, chọn tờ khai chính thức thì không được do đã tồn tại tờ khai rồi, vào tờ khai bổ sung thì tra ra được tờ khai báo không chấp nhận, ở tờ khai đó không có mục cho khai bổ sung luôn. Anh/chị biết hướng dẫn giúp em với ạ.

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Phân tích tình huống

Tình huống của Anh/Chị liên quan đến việc nộp hồ sơ hoàn thuế thu nhập cá nhân (TNCN) kỳ 2024, trong đó tờ khai ban đầu bị từ chối do sai sót về số thu nhập chịu thuế từ chứng từ của công ty. Theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019, người nộp thuế có quyền khai bổ sung hồ sơ khai thuế nếu phát hiện sai sót trước khi cơ quan thuế công bố quyết định xử lý vi phạm hành chính. Thông báo từ hệ thống yêu cầu nộp bổ sung vì tờ khai ban đầu được coi là "tồn tại" (dù bị từ chối), dẫn đến khó khăn khi khai lại trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế (dịch vụ công trực tuyến). Sai sót chứng từ từ công ty là trách nhiệm của tổ chức chi trả thu nhập, theo Điều 25 Thông tư 80/2021/TT-BTC, và Anh/Chị cần phối hợp để điều chỉnh trước khi nộp bổ sung.

Quy trình nộp tờ khai bổ sung

Vì câu hỏi tập trung vào hướng dẫn thực hiện trên hệ thống, quy trình được trình bày theo các bước cụ thể dựa trên Thông tư 80/2021/TT-BTC (hướng dẫn khai thuế điện tử) và Thông tư 19/2021/TT-BTC (quy định về xử lý chứng từ điện tử). Anh/Chị cần sử dụng tài khoản đăng nhập trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế (etax.thue.gdt.gov.vn) để thực hiện, đảm bảo dữ liệu chứng từ đã được công ty sửa chữa và cung cấp lại.

Xem thêm: Dạ em muốn hỏi một việc khá rối là trong năm 2022 em có nhận tiền hỗ trợ từ nhiều người để gây quỹ chữa bệnh cho người nhà, toàn bộ tiền đều chuyển vào tài khoản cá nhân của em rồi sau đó em chi trả viện phí, nhưng gần đây cơ quan thuế gửi giấy yêu cầu giải trình vì tổng tiền vào tài khoản vượt ngưỡng phải rà soát, nếu em không tập hợp đủ bằng chứng từng khoản đóng góp thì có bị quy thành thu nhập chịu thuế của cá nhân không ạ?

Bước 1: Kiểm tra và yêu cầu điều chỉnh chứng từ từ công ty

Trước tiên, liên hệ công ty để yêu cầu cấp chứng từ điều chỉnh (mẫu 16/TH-TNCN hoặc biên lai khấu trừ sai sót) theo Điều 25 Thông tư 80/2021/TT-BTC. Công ty phải nộp thông báo điều chỉnh cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp trong vòng 10 ngày kể từ khi phát hiện sai sót. Sau đó, tải chứng từ mới về máy để chuẩn bị dữ liệu chính xác, tránh lặp lại lỗi thu nhập chịu thuế không khớp. Bước này mất khoảng 3-5 ngày làm việc, tùy thuộc vào tốc độ phản hồi của công ty.

Bước 2: Truy cập hệ thống và tra cứu tờ khai bị từ chối

Đăng nhập vào Cổng thông tin điện tử Tổng cục Thuế bằng tài khoản cá nhân (sử dụng mã số thuế hoặc tài khoản định danh điện tử VNeID). Chọn mục "Quyết toán thuế TNCN" năm 2024, sau đó tra cứu tờ khai ban đầu qua chức năng "Tra cứu tờ khai". Hệ thống sẽ hiển thị tờ khai bị từ chối (mã số tờ khai cũ), nhưng không cho phép chỉnh sửa trực tiếp. Nếu không có tùy chọn bổ sung ngay, lưu ý thông báo lỗi và chuẩn bị dữ liệu mới để nộp dưới dạng bổ sung, theo hướng dẫn tại Phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC về khai thuế điện tử.

Bước 3: Nộp tờ khai bổ sung qua chức năng dành riêng

Từ menu chính, chọn "Khai thuế" > "Tờ khai bổ sung" (hoặc "Điều chỉnh khai thuế" nếu hệ thống cập nhật). Nhập mã số tờ khai ban đầu bị từ chối làm cơ sở tham chiếu, sau đó điền dữ liệu mới dựa trên chứng từ đã điều chỉnh (bao gồm thu nhập chịu thuế chính xác). Ký số điện tử và nộp trực tuyến. Nếu hệ thống vẫn báo lỗi "không có mục bổ sung", sử dụng chức năng "Nộp hồ sơ bổ sung" trong phần "Hoàn thuế" hoặc liên hệ hỗ trợ kỹ thuật qua hotline 1800-1525 của Tổng cục Thuế để được hướng dẫn kích hoạt. Thời hạn nộp bổ sung là trước ngày cuối cùng của tháng thứ 4 sau kỳ quyết toán (tháng 4/2025 cho năm 2024), theo Điều 44 Luật Quản lý thuế 2019; nếu chậm, có thể bị phạt từ 2.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Xem thêm: Một doanh nghiệp xây dựng nhỏ ký hợp đồng thi công công trình dân dụng nhưng chủ nhà thanh toán từng phần bằng tiền mặt, đến khi quyết toán thuế thì cơ quan chức năng cho rằng không đủ căn cứ chứng minh chi phí nhân công và vật liệu do thiếu hóa đơn đầu vào hợp lệ, dẫn tới bị loại chi phí và truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp, trong khi thực tế công trình đã hoàn thành đầy đủ, vậy có cách nào hợp thức hóa chi phí trong trường hợp này hay phải chấp nhận nộp bổ sung?

Bước 4: Theo dõi và xử lý phản hồi từ cơ quan thuế

Sau khi nộp, kiểm tra trạng thái qua mục "Tra cứu hồ sơ" trên hệ thống. Cơ quan thuế sẽ xử lý trong vòng 10 ngày làm việc (theo Điều 60 Luật Quản lý thuế 2019) và gửi thông báo chấp nhận hoặc yêu cầu bổ sung thêm qua email/thư điện tử đăng ký. Nếu được chấp nhận, hồ sơ hoàn thuế sẽ được chuyển sang giai đoạn xác minh số tiền hoàn (tối đa 40 ngày theo Thông tư 80/2021/TT-BTC). Giữ biên nhận nộp điện tử làm chứng cứ.

Hồ sơ cần chuẩn bị

• Bản sao chứng từ khấu trừ thuế TNCN đã điều chỉnh từ công ty (theo mẫu tại Thông tư 80/2021/TT-BTC).
• Tờ khai quyết toán thuế TNCN (mẫu 02/QTT-TNCN) với dữ liệu bổ sung.
• Giấy tờ chứng minh thu nhập khác (nếu có, như hợp đồng lao động hoặc biên lai).
• Tài khoản ngân hàng để nhận tiền hoàn (nếu hồ sơ được chấp nhận).

Việc tuân thủ quy trình này giúp tránh phạt hành chính và đảm bảo quyền lợi hoàn thuế được thực hiện kịp thời, giảm thiểu rủi ro pháp lý từ sai sót chứng từ. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.