Xin chào, em muốn tư vấn về việc xử lý hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn phát sinh từ 2 năm trước mà giờ cơ quan thuế mới thông báo, nếu em chứng minh được việc mua hàng là thật, có biên bản giao nhận và thanh toán qua ngân hàng đầy đủ thì em có quyền giữ lại số thuế GTGT đã khấu trừ hay bắt buộc phải nộp lại tiền thuế và tính tiền chậm nộp từ thời điểm đó đến nay?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Cơ sở pháp lý liên quan

Theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng 2008 (sửa đổi, bổ sung các năm 2013, 2014, 2016, 2020) và Luật Quản lý thuế 2019, việc xử lý hóa đơn từ doanh nghiệp bỏ trốn (không hoạt động tại địa chỉ đăng ký) phụ thuộc vào tính xác thực của giao dịch. Cụ thể, theo Công văn số 11797/BTC-TCT ngày 15/7/2020, nếu người mua chứng minh được hàng hóa, dịch vụ là thực tế, hóa đơn sẽ không bị coi là hóa đơn "ma".

Thời hiệu truy thu thuế theo Điều 110 Luật Quản lý thuế 2019 là 10 năm đối với hành vi trốn thuế. Tuy nhiên, doanh nghiệp có quyền giải trình để giữ số thuế đã khấu trừ nếu đáp ứng đủ các điều kiện về hồ sơ, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt và hợp đồng mua bán hợp pháp theo quy định của Bộ Tài chính.

Điều kiện chứng minh giao dịch hợp pháp

Để bảo vệ quyền khấu trừ thuế GTGT đầu vào, Anh/Chị cần chứng minh giao dịch mua hàng là thực tế thông qua bộ hồ sơ chứng từ chặt chẽ. Các điều kiện chính bao gồm:

• Hợp đồng mua bán hàng hóa hoặc cung ứng dịch vụ được ký kết đúng thẩm quyền.
• Biên bản giao nhận hàng hóa, phiếu nhập kho có xác nhận của các bên liên quan.
• Chứng từ thanh toán qua ngân hàng (sao kê chuyển khoản) khớp với giá trị ghi trên hóa đơn.
• Các hồ sơ chứng minh tính luân chuyển của hàng hóa như vận đơn, lệnh điều xe hoặc phiếu xuất kho của bên bán.

Nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện trên, hóa đơn được coi là hợp pháp theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2008 (sửa đổi, bổ sung) và Anh/Chị có quyền giữ nguyên số thuế đã khấu trừ mà không phải nộp lại.

Quyền giữ khấu trừ và xử lý tiền chậm nộp

Trong trường hợp Anh/Chị chứng minh được giao dịch là thật, cơ quan thuế không được yêu cầu nộp lại số thuế GTGT đã khấu trừ và không tính tiền chậm nộp. Theo Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019, tiền chậm nộp được tính ở mức 0,03%/ngày trên số thuế chậm nộp. Ví dụ, với hóa đơn trị giá 1.000.000.000 đồng (thuế GTGT 100.000.000 đồng), nếu bị truy thu sau 2 năm (730 ngày), số tiền chậm nộp có thể lên đến khoảng 21.900.000 đồng.

Ngược lại, nếu không chứng minh được tính chân thực của giao dịch, Anh/Chị buộc phải nộp lại toàn bộ số thuế đã khấu trừ kèm tiền chậm nộp nêu trên. Ngoài ra, doanh nghiệp còn đối mặt với mức phạt vi phạm hành chính từ 20% đến 100% số thuế truy thu theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP tùy theo mức độ vi phạm được cơ quan thuế xác định trong biên bản kiểm tra.

Quy trình giải trình với cơ quan thuế

Khi nhận được thông báo yêu cầu giải trình từ cơ quan thuế về hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn, Anh/Chị cần thực hiện theo các bước sau:

Bước 1: Chuẩn bị và hệ thống hóa hồ sơ giải trình Anh/Chị cần thu thập toàn bộ bản gốc và sao y công chứng các chứng từ liên quan như hợp đồng, biên bản bàn giao và sao kê ngân hàng cho giao dịch phát sinh từ 2 năm trước. Việc hệ thống hóa hồ sơ theo trình tự thời gian giúp cán bộ thuế dễ dàng đối soát và xác nhận tính liên tục, thực tế của hoạt động mua bán. Anh/Chị nên soạn thảo văn bản giải trình chi tiết, khẳng định rõ tại thời điểm giao dịch, bên bán vẫn hoạt động bình thường và doanh nghiệp đã thực hiện đầy đủ nghĩa vụ kiểm tra thông tin đối tác. Một bộ hồ sơ đầy đủ là bằng chứng thép để loại bỏ nghi ngờ về việc mua bán hóa đơn trái phép.

Bước 2: Nộp hồ sơ và thực hiện quyền khiếu nại hành chính Hồ sơ giải trình cần được nộp trực tiếp hoặc gửi qua hệ thống thuế điện tử trong thời hạn quy định (thường là 10 ngày làm việc kể từ khi nhận thông báo). Nếu sau khi xem xét hồ sơ, cơ quan thuế vẫn ban hành quyết định truy thu, Anh/Chị có quyền gửi đơn khiếu nại lần đầu theo Luật Khiếu nại 2011 và Điều 117 Luật Quản lý thuế 2019. Trong đơn khiếu nại, hãy nhấn mạnh các tình tiết chứng minh sự ngay tình của bên mua và đề nghị cơ quan thuế xem xét lại dựa trên tinh thần hỗ trợ doanh nghiệp. Việc khiếu nại đúng quy trình giúp đình chỉ việc cưỡng chế thuế trong thời gian chờ giải quyết, giảm áp lực tài chính ngắn hạn.

Bước 3: Theo dõi phản hồi và khởi kiện hành chính nếu cần thiết Cơ quan thuế có trách nhiệm trả lời khiếu nại trong thời hạn từ 30 đến 45 ngày tùy theo tính chất phức tạp của vụ việc. Anh/Chị cần theo dõi sát sao các văn bản trả lời để chuẩn bị các lập luận phản bác nếu nội dung giải quyết chưa thỏa đáng hoặc không đúng quy định pháp luật. Trong trường hợp khiếu nại không thành công, doanh nghiệp có quyền khởi kiện vụ án hành chính tại Tòa án nhân dân theo Luật Tố tụng hành chính 2015. Việc khởi kiện là biện pháp cuối cùng để bảo vệ quyền lợi hợp pháp, đảm bảo rằng số thuế GTGT đã nộp đúng luật không bị thu hồi một cách bất công chỉ vì sai phạm từ phía đối tác.

Việc tuân thủ đúng quy định giúp doanh nghiệp tránh rủi ro tài chính lớn, duy trì uy tín và tối ưu hóa chi phí thuế. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.

Xem thêm: Thu nhập từ chuyển nhượng tên miền internet có phải nộp thuế TNCN không và mức thuế là bao nhiêu phần trăm?

Xem thêm: Dạ cho em hỏi tình huống này với ạ, trước đây em tham gia bán hàng đa cấp và có nhận hoa hồng chuyển khoản hàng tháng, công ty đã khấu trừ thuế trước khi trả tiền nhưng sau đó công ty giải thể và không cấp chứng từ khấu trừ thuế cho em, hiện giờ khi quyết toán thuế cá nhân thì em không có giấy tờ chứng minh đã nộp thuế, vậy em phải làm thế nào để tránh bị tính thuế lần hai?