Các trường hợp hóa đơn không được khấu trừ thuế GTGT

Hóa đơn không được khấu trừ thuế GTGT là vấn đề pháp lý quan trọng mà mọi doanh nghiệp cần nắm rõ để tránh sai sót trong quá trình kê khai thuế. Việc xác định đúng các trường hợp không được khấu trừ giúp doanh nghiệp tuân thủ quy định, giảm thiểu rủi ro bị xử phạt và tối ưu hóa dòng tiền. Hiểu rõ vấn đề này còn hỗ trợ công tác kế toán chính xác và minh bạch. Cùng Công ty Luật ACC tìm hiểu chi tiết các quy định hiện hành.

1. Tầm quan trọng của việc xác định đúng hóa đơn GTGT trong hoạt động kinh doanh

Việc xác định hóa đơn nào được hoặc không được khấu trừ thuế GTGT ảnh hưởng trực tiếp đến số thuế phải nộp và chi phí thực tế của doanh nghiệp. Theo Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, doanh nghiệp chỉ được khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi đáp ứng đầy đủ các điều kiện về hóa đơn, chứng từ, hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh chịu thuế và các điều kiện khác theo quy định.

Nếu kê khai khấu trừ đối với hóa đơn không đủ điều kiện, doanh nghiệp có thể bị cơ quan thuế yêu cầu điều chỉnh giảm số thuế đã khấu trừ, nộp bổ sung thuế và tiền chậm nộp theo Luật Quản lý thuế 2025. Vì vậy, việc kiểm tra hóa đơn đầu vào giúp doanh nghiệp hạn chế sai sót trong công tác kế toán và quá trình quyết toán thuế.

2. Các yếu tố ảnh hưởng đến khả năng khấu trừ thuế GTGT theo quy định pháp luật

Khả năng khấu trừ thuế GTGT phụ thuộc vào tính hợp pháp của hóa đơn, nguồn gốc giao dịch, mục đích sử dụng hàng hóa, dịch vụ và điều kiện thanh toán theo quy định.

Theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, hàng hóa, dịch vụ mua vào phải phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh chịu thuế GTGT và có đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp lệ thì doanh nghiệp mới được khấu trừ thuế đầu vào.

Bên cạnh đó, theo điểm b khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, đối với hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên (đã bao gồm thuế GTGT), doanh nghiệp phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Xem thêm: Cách xuất hóa đơn vận chuyển theo quy định

3. Các trường hợp hóa đơn không được khấu trừ thuế GTGT

Theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và các quy định về hóa đơn, chứng từ, một số trường hợp hóa đơn không được khấu trừ thuế GTGT gồm:

• Thứ nhất, hóa đơn không hợp pháp, không phản ánh đúng giao dịch thực tế hoặc hóa đơn do người bán lập không đúng quy định về sử dụng hóa đơn, chứng từ theo pháp luật hiện hành.
• Thứ hai, hàng hóa, dịch vụ mua vào không phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh chịu thuế GTGT của doanh nghiệp, như các khoản chi phục vụ mục đích cá nhân hoặc không liên quan đến hoạt động kinh doanh.
• Thứ ba, hóa đơn có giá trị thuộc trường hợp phải thanh toán không dùng tiền mặt nhưng doanh nghiệp không có chứng từ thanh toán theo quy định.
• Thứ tư, hóa đơn có sai sót làm ảnh hưởng đến tính hợp pháp, tính chính xác của thông tin trên hóa đơn hoặc chưa được xử lý theo đúng quy định về điều chỉnh, thay thế hóa đơn điện tử thì doanh nghiệp cần thực hiện xử lý theo quy định trước khi kê khai, khấu trừ thuế GTGT.

Doanh nghiệp cần rà soát hóa đơn đầu vào trước khi kê khai để loại bỏ các khoản thuế không đủ điều kiện khấu trừ, hạn chế nguy cơ bị truy thu thuế.

Xem thêm: Quy định về xuất hóa đơn cho nhà thầu liên danh hiện nay

4. Hậu quả pháp lý khi doanh nghiệp khấu trừ sai hóa đơn GTGT

Trường hợp doanh nghiệp kê khai khấu trừ thuế GTGT đối với hóa đơn không đủ điều kiện, cơ quan thuế có thể yêu cầu điều chỉnh giảm số thuế đã khấu trừ và truy thu số thuế còn thiếu theo Luật Quản lý thuế 2025.

Ngoài việc nộp lại số thuế đã khấu trừ sai, doanh nghiệp còn có thể phải nộp tiền chậm nộp và bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP.

Do đó, doanh nghiệp cần xây dựng quy trình kiểm tra hóa đơn đầu vào, lưu giữ đầy đủ chứng từ liên quan để bảo vệ quyền lợi khi cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra.

5. Câu hỏi thường gặp

Hóa đơn điện tử thiếu chữ ký số có được khấu trừ thuế GTGT không?

Trả lời: Không phải mọi trường hợp hóa đơn điện tử thiếu chữ ký số đều không được khấu trừ thuế GTGT. Đối với các loại hóa đơn điện tử thuộc trường hợp phải có chữ ký số theo quy định, việc thiếu chữ ký số có thể ảnh hưởng đến tính hợp pháp của hóa đơn và điều kiện khấu trừ thuế. Tuy nhiên, một số loại hóa đơn điện tử đặc thù như hóa đơn điện tử từ máy tính tiền hoặc các trường hợp pháp luật quy định không bắt buộc chữ ký số vẫn được chấp nhận theo quy định.

Doanh nghiệp có được khấu trừ thuế GTGT từ hóa đơn mua hàng hóa không dùng cho kinh doanh không?

Trả lời: Không. Theo Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, hàng hóa, dịch vụ mua vào phải phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT và đáp ứng các điều kiện về hóa đơn, chứng từ theo quy định thì doanh nghiệp mới được khấu trừ thuế đầu vào.

Hóa đơn bị hủy sau khi đã kê khai khấu trừ thì xử lý như thế nào?

Trả lời: Khi hóa đơn đã kê khai khấu trừ nhưng sau đó bị hủy hoặc được xác định không còn giá trị sử dụng, doanh nghiệp cần thực hiện xử lý theo quy định về hóa đơn điện tử và kê khai bổ sung, điều chỉnh thuế GTGT nếu việc hủy hóa đơn làm thay đổi điều kiện khấu trừ thuế.

Hóa đơn không được khấu trừ thuế GTGT là nội dung pháp lý đòi hỏi sự chính xác cao trong thực tiễn áp dụng. Doanh nghiệp nên chủ động rà soát lại toàn bộ hóa đơn đầu vào để đảm bảo tuân thủ đúng quy định. Việc tham khảo ý kiến chuyên gia pháp lý sẽ giúp giảm thiểu rủi ro đáng kể. Liên hệ Công ty Luật ACC ngay hôm nay để được tư vấn chi tiết và hỗ trợ xử lý các vấn đề liên quan đến thuế GTGT.