Em đang gặp rắc rối với hóa đơn điện tử, chả là bên nhà cung cấp dịch vụ cho em họ bị cơ quan thuế thông báo là doanh nghiệp bỏ trốn khỏi địa chỉ kinh doanh, dẫn đến toàn bộ hóa đơn đầu vào em đã lấy của họ trong quý trước bị nghi ngờ là hóa đơn “khống”, mặc dù hàng hóa em mua về là có thật và có đầy đủ hợp đồng, chứng từ thanh toán qua ngân hàng, bây giờ cơ quan thuế yêu cầu em phải loại bỏ các hóa đơn này và nộp thêm thuế thì em phải làm gì để bảo vệ quyền lợi hợp pháp của mình?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Tình trạng pháp lý của hóa đơn đầu vào từ nhà cung cấp bỏ trốn

Theo quy định tại Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, hóa đơn đầu vào chỉ được khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện về tính hợp pháp, bao gồm việc nhà cung cấp phải là doanh nghiệp hợp pháp và hóa đơn phải phản ánh đúng giao dịch thực tế. Trong trường hợp nhà cung cấp bị cơ quan thuế thông báo là doanh nghiệp bỏ trốn khỏi địa chỉ kinh doanh, hóa đơn có thể bị nghi ngờ là "khống" theo Khoản 3 Điều 10 Thông tư 69/2025/TT-BTC, dẫn đến cơ quan thuế yêu cầu loại bỏ để tính lại số thuế phải nộp.

Tuy nhiên, nếu Anh/Chị chứng minh được giao dịch mua hàng là có thật (qua hợp đồng, chứng từ thanh toán ngân hàng và bằng chứng nhận hàng), quyền khấu trừ vẫn có thể được bảo vệ, tránh việc bị truy thu thuế GTGT đầu vào và các khoản phạt liên quan (phạt từ 20% đến 100% số thuế truy thu theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, sửa đổi bổ sung).

Điều kiện để bảo vệ quyền lợi khấu trừ thuế GTGT

Để hóa đơn đầu vào được công nhận hợp lệ dù nhà cung cấp bỏ trốn, Anh/Chị cần đáp ứng các điều kiện sau theo Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và Điều 14 Thông tư 69/2025/TT-BTC:

Xem thêm: Cho tôi hỏi về thuế đối với các khoản quà tặng nhân ngày sinh nhật hoặc lễ tết mà công ty chi cho nhân viên bằng thẻ quà tặng (voucher) của các siêu thị, khoản này có bị cộng vào thu nhập chịu thuế TNCN của nhân viên không và công ty có được khấu trừ thuế GTGT từ hóa đơn mua voucher đó không?

• Giao dịch phải thực tế, có hàng hóa/dịch vụ được cung cấp và sử dụng cho sản xuất kinh doanh chịu thuế GTGT.
• Có đầy đủ chứng từ chứng minh thanh toán không dùng tiền mặt (chuyển khoản ngân hàng) nếu giá trị từ 20 triệu đồng trở lên.
• Không có dấu hiệu gian lận từ phía người mua, như hóa đơn không khớp với sổ sách kế toán hoặc thiếu bằng chứng nhận hàng.

Nếu các điều kiện này được đáp ứng, cơ quan thuế không được tự động loại bỏ hóa đơn mà phải xem xét chứng cứ cụ thể, giúp Anh/Chị tránh nộp thêm thuế và lãi chậm nộp (0,03%/ngày theo Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019).

Quy trình giải trình và khiếu nại với cơ quan thuế

Để bảo vệ quyền lợi, Anh/Chị cần thực hiện giải trình kịp thời trước khi cơ quan thuế ban hành quyết định truy thu chính thức. Quy trình được hướng dẫn chi tiết tại Điều 50 Luật Quản lý thuế 2019 và Điều 15 Thông tư 69/2025/TT-BTC, bao gồm các bước sau:

Bước 1: Chuẩn bị và nộp văn bản giải trình

Anh/Chị soạn văn bản giải trình bằng văn bản (theo mẫu tại Phụ lục Thông tư 69/2025/TT-BTC), nộp trực tiếp hoặc qua cổng thông tin điện tử của cơ quan thuế địa phương trong thời hạn 10 ngày kể từ khi nhận thông báo. Văn bản cần nêu rõ lý do hóa đơn hợp pháp, đính kèm toàn bộ chứng cứ để chứng minh giao dịch thực tế, giúp cơ quan thuế tạm dừng truy thu và xem xét lại.

Bước 2: Tham gia làm việc với cơ quan thuế

Sau khi nộp, Anh/Chị tham gia các buổi làm việc do cơ quan thuế tổ chức (thường trong 30 ngày), cung cấp thêm thông tin nếu yêu cầu. Tại đây, trình bày logic về hợp đồng, chứng từ thanh toán và bằng chứng nhận hàng để thuyết phục, tránh quyết định loại bỏ hóa đơn. Nếu cần, có thể mời đại diện pháp lý hỗ trợ để đảm bảo lập luận dựa trên pháp luật.

Bước 3: Khiếu nại nếu quyết định truy thu được ban hành

Xem thêm: Mọi người cho mình hỏi là nếu mình nhận được tiền bồi thường bảo hiểm nhân thọ do gặp tai nạn hoặc bệnh tật thì khoản tiền này có phải nộp thuế thu nhập cá nhân không, vì mình thấy đây là số tiền để bù đắp tổn thất sức khỏe chứ không phải là khoản thu nhập sinh lời?

Nếu cơ quan thuế vẫn yêu cầu loại bỏ hóa đơn, Anh/Chị khiếu nại lên cấp trên trực tiếp (Cục Thuế tỉnh/thành phố) trong 30 ngày theo Điều 101 Luật Quản lý thuế 2019. Khiếu nại phải kèm chứng cứ bổ sung, và nếu bị bác, có thể khởi kiện hành chính tại Tòa án nhân dân cấp quận/huyện. Quy trình này giúp bảo vệ quyền lợi, có thể dẫn đến hủy quyết định truy thu nếu chứng minh thành công.

Hồ sơ cần chuẩn bị để chứng minh giao dịch thực tế

Để hỗ trợ giải trình hiệu quả, Anh/Chị cần thu thập và lưu giữ đầy đủ hồ sơ sau theo yêu cầu tại Điều 15 Thông tư 69/2025/TT-BTC:

• Hóa đơn điện tử gốc từ nhà cung cấp (file XML và PDF).
• Hợp đồng mua bán hàng hóa/dịch vụ, có chữ ký hai bên và ngày tháng rõ ràng.
• Chứng từ thanh toán qua ngân hàng (sao kê tài khoản, ủy nhiệm chi).
• Bằng chứng nhận hàng (biên bản giao nhận, vận đơn, phiếu nhập kho).
• Sổ sách kế toán nội bộ chứng minh hàng hóa được sử dụng trong sản xuất kinh doanh (nhật ký sử dụng, hóa đơn đầu ra liên quan).

Hồ sơ này phải được lưu trữ ít nhất 10 năm theo Luật Kế toán 2015, giúp tăng tính thuyết phục khi giải trình.

Việc tuân thủ đúng quy trình giải trình không chỉ giúp bảo vệ quyền khấu trừ thuế GTGT hợp pháp mà còn tránh các rủi ro phạt hành chính và lãi chậm nộp, đảm bảo hoạt động kinh doanh ổn định. Đồng thời, duy trì hồ sơ chứng cứ đầy đủ sẽ giảm thiểu tranh chấp thuế trong tương lai. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.