Mọi người cho em hỏi, công ty em bị thanh tra thuế và phát hiện một số hóa đơn đầu vào mua từ nhà cung cấp đã bỏ địa chỉ kinh doanh, dù thời điểm mua bán là hợp pháp và đã chuyển khoản đầy đủ, vậy khi bị loại chi phí và truy thu thuế thì doanh nghiệp có quyền khiếu nại hay bắt buộc phải chấp nhận?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Tính hợp lệ của hóa đơn và chi phí khi nhà cung cấp bỏ địa chỉ

Theo quy định tại Nghị định 123/2020/NĐ-CP, hóa đơn điện tử hợp lệ phải được khởi tạo từ doanh nghiệp đang hoạt động. Tuy nhiên, việc nhà cung cấp bỏ địa chỉ kinh doanh sau thời điểm giao dịch không đồng nghĩa với việc hóa đơn đó mặc nhiên bị vô hiệu.

• Điều kiện được trừ chi phí: Căn cứ Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, chi phí được trừ khi tính thuế TNDN phải có đầy đủ hóa đơn, chứng từ và chứng minh được giao dịch thực tế phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh.
• Quyền bảo vệ chi phí: Nếu tại thời điểm phát hành hóa đơn, nhà cung cấp vẫn đang hoạt động (không thuộc danh sách doanh nghiệp bỏ trốn/ngừng hoạt động của cơ quan thuế) và Anh/Chị có đầy đủ bằng chứng về việc giao nhận hàng hóa, thanh toán qua ngân hàng, thì việc cơ quan thuế loại bỏ chi phí này chỉ vì nhà cung cấp bỏ địa chỉ sau đó là chưa thỏa đáng.

Quyền khiếu nại của doanh nghiệp đối với quyết định truy thu

Xem thêm: Sau khi chuyển đổi từ hộ kinh doanh lên doanh nghiệp, bên thuế yêu cầu quyết toán lại giai đoạn trước chuyển đổi vì cho rằng doanh thu thực tế cao hơn mức khoán, trong khi thời điểm đó không có hóa đơn đầu ra, vậy việc xác định doanh thu dựa trên căn cứ nào?

Doanh nghiệp không bắt buộc phải chấp nhận kết luận của đoàn thanh tra/kiểm tra nếu có căn cứ cho rằng kết luận đó sai lệch. Theo Luật Quản lý thuế 2019, Anh/Chị có các quyền sau:

• Quyền giải trình: Trước khi ban hành quyết định xử lý về thuế, Anh/Chị có quyền giải trình bằng văn bản và cung cấp chứng cứ bổ sung để bảo vệ tính hợp pháp của hóa đơn.
• Quyền khiếu nại: Căn cứ Điều 108 Luật Quản lý thuế 2019, Anh/Chị có quyền khiếu nại quyết định hành chính của cơ quan thuế nếu quyết định đó xâm phạm quyền và lợi ích hợp pháp của doanh nghiệp.
• Quyền khởi kiện: Anh/Chị có thể lựa chọn khởi kiện ra Tòa án theo Luật Tố tụng hành chính mà không nhất thiết phải qua bước khiếu nại tại cơ quan thuế.

Quy trình khiếu nại quyết định của cơ quan thuế năm 2026

Để bảo vệ quyền lợi và tránh khoản truy thu cùng tiền phạt chậm nộp 0,03%/ngày, Anh/Chị thực hiện theo quy trình sau:

Bước 1: Tập hợp chứng cứ chứng minh giao dịch có thật Anh/Chị cần xây dựng một bộ hồ sơ chứng minh tính khách quan và hợp pháp của các hóa đơn bị nghi ngờ. Giải thích chi tiết từ 3-5 dòng: Bộ hồ sơ bao gồm hợp đồng kinh tế, biên bản bàn giao, phiếu nhập kho và đặc biệt là lệnh chuyển tiền qua ngân hàng khớp với giá trị trên hóa đơn. Anh/Chị cũng nên trích xuất dữ liệu từ hệ thống của Tổng cục Thuế tại thời điểm mua hàng để chứng minh rằng lúc đó mã số thuế của người bán vẫn ở trạng thái "đang hoạt động". Việc chứng minh được "tính có thật" của hàng hóa, dịch vụ theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 là chìa khóa để bác bỏ lập luận của cơ quan thuế về việc sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, giúp doanh nghiệp giữ lại được khoản chi phí hợp lý và số thuế GTGT đã khấu trừ.

Xem thêm: Khoản tiền công tác phí mà công ty chi trả cho tôi theo hình thức khoán trọn gói hàng tháng hiện đang bị yêu cầu tính vào thu nhập chịu thuế do không đủ chứng từ từng chuyến đi, trong khi thực tế tôi vẫn đi làm việc đầy đủ nhưng không giữ lại hóa đơn lẻ, nếu truy thu lại toàn bộ phần này cho ba năm liên tiếp thì nghĩa vụ thuộc về cá nhân hay doanh nghiệp phải chịu trách nhiệm?

Bước 2: Soạn thảo đơn khiếu nại và gửi cơ quan thuế Anh/Chị gửi đơn khiếu nại đến người đã ký quyết định xử lý thuế (Cục trưởng Cục Thuế hoặc Chi cục trưởng) trong thời hạn 90 ngày kể từ ngày nhận quyết định. Giải thích chi tiết từ 3-5 dòng: Đơn khiếu nại phải nêu rõ các điểm chưa hợp lý trong quyết định truy thu, đối chiếu cụ thể giữa thực tế giao dịch và quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng 2024. Anh/Chị cần lưu ý rằng, theo quy định hiện hành, trong thời gian chờ giải quyết khiếu nại, doanh nghiệp vẫn phải nộp đủ số tiền thuế truy thu và tiền phạt vào ngân sách để tránh bị cưỡng chế hóa đơn hoặc tạm dừng xuất cảnh đối với người đại diện. Tuy nhiên, nếu khiếu nại thành công, cơ quan thuế sẽ phải hoàn trả lại số tiền này kèm theo tiền lãi tính trên thời gian Anh/Chị đã nộp dư cho nhà nước.

Bước 3: Tham gia đối thoại và nhận quyết định giải quyết khiếu nại Người giải quyết khiếu nại sẽ tổ chức đối thoại để làm rõ nội dung khiếu nại và các yêu cầu của Anh/Chị. Giải thích chi tiết từ 3-5 dòng: Đây là cơ hội để Anh/Chị trực tiếp trình bày các bằng chứng và thuyết phục cơ quan thuế về tính minh bạch của doanh nghiệp mình. Căn cứ Luật Quản lý thuế 2019, thời hạn giải quyết khiếu nại lần đầu không quá 30 ngày (vụ việc phức tạp có thể lên đến 45 ngày). Sau khi đối thoại, cơ quan thuế sẽ ban hành Quyết định giải quyết khiếu nại. Nếu kết quả vẫn chưa thỏa đáng, Anh/Chị tiếp tục có quyền khiếu nại lần hai lên cấp trên trực tiếp (Tổng cục Thuế) hoặc khởi kiện ra Tòa án để yêu cầu hủy bỏ quyết định truy thu, bảo vệ tài chính và uy tín cho doanh nghiệp trước các rủi ro từ nhà cung cấp không uy tín.

Việc tuân thủ đúng quy trình khiếu nại không chỉ giúp giảm thiểu rủi ro truy thu thuế mà còn bảo vệ uy tín kinh doanh lâu dài, tránh các khoản phạt bổ sung từ 20% đến 100% số tiền truy thu theo Điều 142 Luật Quản lý thuế 2019. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.